Директор требует чтобы я вышел и написал заявление письменно, как и передал ключи им сразу

Добрый день!

обязан ли я приходить в магазин для передачи ключей и подписания заявления, т.к.может ли это повлечь за собой серьёзные риски в плане нарушения в виде явки на рабочее место на больничном и имеет ли какие-то серьёзные подводные камни?

Находясь на больничном, вы освобождены от трудовых обязанностей (ст. 183 ТК РФ). Работодатель не вправе требовать вашего выхода на работу — ни для передачи ключей, ни для подписания бумажного заявления, ни для чего-либо ещё. Если директор требует явки — это нарушение. Вы имеете полное право отказаться.

Если в компании действует кадровый электронный документооборот (КЭДО), вы дали на него согласие и подписали заявление усиленной электронной подписью — оно имеет полную юридическую силу, ничем не отличается от бумажного (ст. 22.1–22.3 ТК РФ). Техподдержка права: дополнительно ничего на бумаге подавать не нужно.

формально вы не обязаны приходить в магазин, чтобы подписать заявление или передать ключи. Закон не требует от работника на больничном лично являться в офис или на точку для таких задач. Более того: если вы находитесь на больничном, работодатель не имеет права принудительно привлекать вас к работе. Выход на работу в этот период — это нарушение режима нетрудоспособности, которое может повлечь последствия. Врач в листке нетрудоспособности может поставить специальный код, если зафиксирует, что вы нарушили режим (например, вышли на смену, не закрыв больничный). Это напрямую влияет на оплату: пособие за дни работы в этот период может не назначаться или быть снижено. 
А что с передачей ключей и заявлением? Здесь есть нюанс. Если вы уже подали заявление на увольнение (особенно в электронной форме с ЭЦП, как вы и сделали), то требовать от вас личного присутствия для «окончательного оформления» незаконно. Трудовое законодательство не предусматривает такого требования в вашей ситуации. Что касается ключей: если вы материально ответственное лицо, формально при смене руководства или по внутренним правилам компании действительно может потребоваться инвентаризация и передача ценностей. Но это не значит, что вы обязаны лично присутствовать в магазине в момент передачи. Вы можете оформить передачу доверенным лицом (если такое предусмотрено внутренними документами) или решить вопрос удалённо (например, отправить ключи почтой или курьером с описью вложения). 
Какие риски есть? Главный риск — не в самом факте явки (закон не запрещает вам лично прийти, если это нужно), а в том, как работодатель это интерпретирует. Если после вашего выхода на больничном начнётся разбирательство (например, потребуют объяснений за «прогул» или попытаются применить дисциплинарное взыскание), вам будет сложнее отстоять свою позицию. Ключевой момент: если факт работы в период больничного вскроется, это станет основанием для отказа в оплате этих дней в качестве больничного. Поэтому безопаснее решать такие вопросы удалённо. 
Мой совет: спокойно объясните директору или кадровику, что по состоянию здоровья вы не можете лично присутствовать в магазине для передачи ключей или подписания бумаг. Предложите зафиксировать факт передачи (например, составить акт с доверенным лицом) — это снимет напряжение. Если давление продолжается, можно сослаться на то, что при наличии электронного заявления и вопросов по материальной ответственности вопрос лучше решать в правовом поле, а не через личное присутствие.
В общем, ваша позиция — защищать здоровье и больничный режим. Риски есть, но их можно минимизировать грамотным коммуникацией.

Ваше отсутствие при пересчёте ценностей работает не против вас. Проверка фактического наличия имущества проводится при обязательном участии материально ответственного лица (п. 2.8 Методических указаний, утв. приказом Минфина России от 13.06.1995 № 49). Пересчёт без вас пройдёт с нарушением этого порядка, и опираться на его результат придётся работодателю, а не вам.

Директор отказалась принимать ключи через доверенное лицо. Зафиксируйте этот отказ письменно: направьте на адрес организации уведомление о готовности передать ключи с указанием способа и даты, заказным письмом с описью. Так у вас останется доказательство, что удерживаете ключи не вы.

Проверьте одно: ваше заявление подписано усиленной электронной подписью или просто отметкой в приложении. От этого зависит, с какой даты пошли две недели по ст. 80 ТК РФ.