Здравствуйте! Работодатель не вправе сокращать ежегодный основной отпуск и дополнительный отпуск за работу в местности, приравненной к районам Крайнего Севера, только потому, что работник длительное время находился на больничном. Период временной нетрудоспособности включается в отпускной стаж, поскольку за работником сохраняется место работы. Поэтому основной отпуск должен составлять не менее 28 календарных дней по статье 115 ТК РФ, а северный дополнительный отпуск — 16 календарных дней по статье 321 ТК РФ.
Исключение касается дополнительного отпуска за вредные или опасные условия труда. По части 3 статьи 121 ТК РФ в стаж для такого отпуска включается только время, фактически отработанное во вредных условиях. Поэтому дни больничного в этот стаж не входят, и продолжительность отпуска «за вредность» за соответствующий рабочий год может быть рассчитана пропорционально фактически отработанному времени. При этом работодатель обязан предоставить не менее установленной законом продолжительности за реально отработанный во вредных условиях период; произвольно уменьшать отпуск он не вправе.
Таким образом, больничный не уменьшает основной и северный отпуска, но может повлиять на количество дней дополнительного отпуска за вредность. Попросите работодателя выдать письменный расчёт отпускного стажа отдельно по каждому виду отпуска. При неправильном расчёте можно обратиться в Государственную инспекцию труда либо взыскать непредоставленные дни и отпускные через суд. Могу проверить расчёт работодателя и подготовить соответствующую жалобу.