Добрый день, Александр!
Срок для обращения в ИФНС с заявлением о возврате переплаты — 3 года со дня уплаты налога. Если переплату налога сформировали авансовые платежи, уплачиваемые в течение года, то 3-летний срок считается со дня, следующего за днем представления декларации по налогу за год.
Статья 78 НК РФ
7. Заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы, если иное не предусмотрено законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.
Срок подачи декларации по УСН за 2011 год — 30.04.2012. Предположим, что Вы подали декларацию за 2011 год именно в этот день. Значит срок для возврата переплаты за 2011 год через ИФНС истекает 30.04.2015. На сегодняшний день этот срок пропущен.
По переплате за 2012 и 2013 год Вы сможете смело подавать заявление в ИФНС и налог Вам должны вернуть.
Есть конечно еще вариант возврата переплаты через суд, однако для оценки перспектив судебного возврата необходимо ознакомиться с имеющейся у вас документацией и обстоятельствами дела.
С уважением!