Или стоит просто дать объяснения налоговой, о нашей работе с ооо?

Здравствуйте, Владислав.

Надо смотреть  договор агента с принципалом, о чем они вообще договорились, но Вы опцию «изучение документов» не оплачивали, поэтому исхожу из того, что Вы описали.

Обязанность по выдаче фискального документа — это обязанность лица, производящего расчет с покупателем (клиентом), если этот расчет попадает под признаки, указанные в Федеральном законе от 22.05.2003 N 54-ФЗ «О применении контрольно-кассовой техники при осуществлении наличных денежных расчетов и (или) расчетов с использованием электронных средств платежа».

Минфин России в Письме  от 12.03.2021 N 03-00-03/17554, в частности, указывает:

По сделке, совершенной агентом с третьим лицом от своего имени и за счет принципала, приобретает права и становится обязанным агент, хотя бы принципал и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в непосредственные отношения по исполнению сделки.

Учитывая изложенное, при оказании услуг агентом ККТ применяется в обязательном порядке и, соответственно, регистрировать ККТ обязан агент.

При этом дополнительного применения ККТ принципалом не требуется.

Вместе с тем в соответствии с вышеуказанным пунктом по сделке, совершенной агентом с третьим лицом от имени и за счет принципала, права и обязанности возникают непосредственно у принципала. В таком случае ККТ применяется принципалом и, соответственно, регистрировать ККТ обязан принципал.

Вы пишете 

Ип принимает оплату у физ лиц через интернет эквайринги банков на свои расчетный счета

 то есть именно он производит расчеты, а не агент- ООО. При этом ООО не предоставляет никаких услуг клиентам ИП, их предоставляет непосредственно сам ИП. Следовательно, ККТ должен применять ИП, а не агент. Если бы агент-ООО оказывал услуги от своего имени и принимал деньги на свои счета, а потом переводил их принципалу-ИП за вычетом комиссии, то проблемы бы не возникло.