Законно ли в договоре перевозке, перекладывать всю ответственность на перевозчика?

Такая формулировка в договоре не всегда незаконна, но её правомерность сильно зависит от конкретных обстоятельств. Я бы сказал так: полностью переложить всю ответственность на перевозчика можно, но с важными оговорками.
Когда это работает. Если по условиям договора именно перевозчик отвечал за погрузку (например, в договоре прямо прописано, что он обязан разместить груз так, чтобы не было перегруза), то возложение на него обязанности возместить штрафы, которые в итоге заплатил грузоотправитель, будет правомерным. В такой ситуации перевозчик принимает на себя риск того, что при погрузке были нарушены нормы. 
Когда могут оспорить. Ключевой момент — кто фактически осуществлял погрузку. По общему правилу (п. 8 ст. 11 Устава автомобильного транспорта) погрузку делает грузоотправитель. Если штраф возник потому, что грузоотправитель нарушил правила и перегрузил машину, суд может счесть, что условие договора в этой части противоречит закону. Нельзя переложить на перевозчика ответственность за нарушение, которое он не мог предотвратить, действуя в рамках своей обязанности (если погрузка — задача отправителя). В такой ситуации условие может быть признано недействительным в части, возлагающей на перевозчика ответственность за нарушение, допущенное другой стороной.
Ещё один нюанс. В вашем примере упоминается «Заказчик (Агент)». Это важно: если заказчик — это экспедитор или посредник, который сам организует перевозку, он может нести перед грузоотправителем самостоятельную ответственность за действия привлечённого перевозчика. И уже после этого он вправе требовать возмещения от самого перевозчика по договору перевозки. То есть условие о компенсации может быть обоснованным, но только в рамках отношений между заказчиком и перевозчиком, а не автоматически распространяться на грузоотправителя. 

Доброе утро. В таком виде пункт 5.2 для перевозчика чрезмерно широкий. Закрепить договором обязанность перевозчика возмещать убытки из-за перегруза можно, но нельзя сделать перевозчика ответственным за любой перегруз независимо от того, кто его допустил и чьи обязанности были нарушены.

По общему правилу предпринимательская ответственность может быть ужесточена договором. Это допускает ст. 401 ГК РФ. Но при перевозке закон прямо распределяет обязанности между участниками. Погрузку выполняет грузоотправитель, если договором не предусмотрено иное, а лицо, осуществляющее погрузку, не вправе превышать допустимую массу и нагрузку на ось. Это следует из ст. 11 Устава автомобильного транспорта. Масса груза также по общему правилу определяется грузоотправителем в присутствии перевозчика, что предусмотрено ст. 12 Устава.

Поэтому особенно спорна формулировка «все убытки», поскольку ст. 12.21.1 КоАП РФ предусматривает отдельную административную ответственность собственника транспортного средства, грузоотправителя за недостоверные сведения о массе и лица, осуществившего погрузку. Договор между агентом и перевозчиком это публично-правовое распределение ответственности не меняет. Если штраф возник из собственного нарушения грузоотправителя или погрузчика, одного факта, что Заказчик добровольно возместил ему этот штраф, недостаточно, чтобы автоматически взыскать эту сумму с перевозчика как убытки.

Я бы пункт в такой редакции перевозчику подписывать не рекомендовал. Безопаснее ограничить ответственность случаями, когда нарушение допустимой массы или осевой нагрузки возникло вследствие действий или нарушения договорных обязанностей именно перевозчика, и отдельно исключить нарушения, вызванные действиями грузоотправителя, погрузчика, недостоверными сведениями о массе груза либо ненадлежащим размещением груза не перевозчиком. Кроме того, для взыскания именно убытков должны подтверждаться нарушение перевозчика, размер расходов и причинная связь по ст. 15 и ст. 393 ГК РФ. Текущая редакция фактически позволяет Заказчику предъявлять перевозчику даже штрафы, возникшие не по его вине, поэтому пункт стоит менять до подписания договора.