Что делать при конфликте в военкомате из-за диагноза и неявке по повестке?

Я от его имени составляю жалобы и заявление на допобследование в прокуратуру

 В прокуратуру нет смысла обращаться. Она не обладает полномочиями в решении вопроса о направлении его на дополнительное обследование. 

В данном случае обращение предполагается в вышестоящую (областную) врачебную комиссию. На этот счет указано в постановлении Правительства РФ  от 04.07.2013 N 565 «Об утверждении Положения о военно-врачебной экспертизе»

согласно которому

8. Гражданин может обжаловать вынесенное военно-врачебной комиссией  или в суд
По решению вышестоящей военно-врачебной комиссии
гражданин может быть направлен на контрольное обследование и повторное освидетельствование.
Контрольное обследование и повторное освидетельствование гражданина до истечения срока действия заключения военно-врачебной комиссии  могут проводиться по его заявлению в вышестоящую военно-врачебную комиссию 

В связи с чем при проведении повторного (а не дополнительного, которое по смыслу действующего законодательства не предусмотрено) освидетельствования обращаться следует в вышестоящую врачебную комиссию.

У Вас в ситуации есть один существенный нюанс.

сын окончил 11 класс и подал документы в ВУЗы (сейчас находится на этапе участия в конкурсе потсупающих); и по повестке начал проходит медкомиссию в военкомате.

 У сына есть законное право на отсрочку, на основании ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»

2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:
г.1) успешно прошедшие государственную итоговую аттестацию по образовательной программе среднего общего образования, — на период до 1 октября года прохождения указанной аттестации;

При наличии указанного права он без поданного заявления не обязан был проходить медицинское освидетельствование.

В ст. 5.1 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» установлена соответствующая гарантия.

1.2. Медицинское освидетельствование граждан, подлежащих призыву на военную службу, имеющих основания для предоставления отсрочки от призыва на военную службу или право на освобождение от призыва на военную службу  проводится по их заявлению, подаваемому в том числе в электронной форме 
 или письменному обращению гражданина в военный комиссариат.

И поскольку он такого заявления не подавал — то медицинское освидетельствование он проходить не обязан.

Отказ от его прохождения исключает для него привлечение к ответственности.

Будет ли за неявку ему штраф?

 Нет. Без письменного заявления проведение освидетельствования незаконно. В связи с чем неявка на его проведение не образует состава административного правонарушения.

В связи с этим штраф для него исключен.

какие действия ему сейчас предпринять?

 Что делать сейчас на данном этапе с имеющимися документами?

 На данном этапе стоит пока полностью воздержаться от прохождения освидетельствования военкомата. А также подать жалобу в вышестоящую призывную комиссию (областной военкомат) на незаконную организацию медицинского освидетельствования.

Одновременно с этим самостоятельно пройти обследование в государственной или муниципальной клиники (военкомат принимает заключения только от них) для целей подтверждения диагноза.

После поступления в вуз — он оформляет отсрочку и в течении ее действия на будущее, регулярно проходит обследование с целью подтверждения имеющегося заболевания.

Это нужно для последующего оформления освобождения от призыва на военную службу.

Получить освобождение он сможет по п. а ст. 23 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», если будет признан ограниченно годным к военной службе (категория В).

Категорию В ему могут поставить по п. б ст. 59 Расписания болезней, куда отнесены

К пункту «б» относятся:
гастриты, гастродуодениты с нарушением секреторной, кислотообразующей функций, частыми обострениями и нарушением питания (ИМТ 18,5 — 19,0 и менее), требующими повторной и длительной госпитализации (более 2 месяцев) при безуспешном лечении в стационарных условиях;

А при подтвержденной язвенной болезни — категория В ставится по п. в ст. 58 Расписания болезней

В отношении освидетельствуемых по графам I, II расписания болезней при язвенной болезни желудка или двенадцатиперстной кишки независимо от длительности (стойкости) ремиссии заключение о категории годности к военной службе выносится по пункту «в».

Соответственно

В фазе ремиссии заболевания достоверным признаком перенесенной язвы луковицы двенадцатиперстной кишки является наличие постязвенного рубца при фиброгастроскопии и (или) грубой рубцовой деформации луковицы, выявляемой при дуоденографии в условиях искусственной гипотонии, а перенесенной язвы желудка — наличие постязвенного рубца при фиброгастроскопии.

Подтверждение указанных признаков перенесенной язвенной болезни желудка и ДПК, будет достаточным основанием для его признания ограниченно годным к военной службе.

Соответственно если по итогу самостоятельно проведенного обследования у него будет подтверждение перенесенного заболевания — он подает заявление в военкомат о проведении освидетельствования. 

В нем просит приобщить имеющиеся у него документы и направить его на прохождение ФГДС для подтверждение ранее установленного диагноза.