Добрый день.
1) КАк мы можем сотрудничать?
Не вижу смысла заключения трудового договора. Оптимальны вариант — раамках договора оказания услуг — скажем договора по разработке ПО
2) В каком формате?
В формате гражданско-правовой сделки между двумя независимыми субъектами. Заключаете договор и по нему работаете. Исполнитель выполняет свои обязательства, выставляет инвойс и Вы его оплачиваете. При этом подпадаете под действие Инструкции БР 181-и по валютному контролю -http://www.consultant.ru/docum...
3) Какие расходы нас ждут?
Расходы по оплате услуг исполнителя +, если исполнитель ФОП, Вы будете выступать в качестве агента по НДС, удерживая и оплачивая его за исполнителя в бюджет — статьи 148 НК http://www.consultant.ru/docum... , 174.2 НК http://www.consultant.ru/docum... , 161 НКhttp://www.consultant.ru/docum...
иных налогов за ФОП у Вас здесь не будет.
4) Какие есть варианты самых выгодных условий: минимизировать налоги с двух сторон?
С Вашей стороны — работать с исполнителем просто физ.лицом.
Все остальные моменты, в том числе налоговая составляющая Украины , могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате.
С уважением Евгений Беляев