Сумма к оплате по договору аренды (ИП арендует у физлица) с учетом НДФЛ

Добрый день. В данном случае как налоговый агент Вы должны удержать и перечислить в бюджет НДФЛ за физ.лицо с его дохода — статья 226 НК. В договоре указана арендная плата, что подразумевает что именно она и является доходом — платой за предоставление в аренду имущества. Доход  поэтому составляет 30 000.

Исходя из этого правильным будет 

2) Перевести по безналу физику 26100 руб (уже с удержанным НДФЛ) и сумму НДФЛ оплатить

Никаких доплат по закону Вы делать не должны. Доплаты образуют дополнительный доход с которого должен быть так же удержан налог. Если Вы скрываете это, это будет налоговым нарушением. 

Что бы физ.лицо получало именно 30 000 указывайте в договоре сумму арендной платы, после удержания из которой 13% образуется именно 30 000.

Что касается 

В договоре есть текст «Стороны договорились, что уплата всех налогов, платежей и сборов, предусмотренных правовыми актами РФ, относится к исключительной ответственности Стороны, на которую такая уплата возлагается законодательством.».

То это не суть важно. Налогоплательщиком здесь является само физ.лицо, получающее доход. Вы лишь удерживаете с него налог и перечисляете в бюджет, т.е. выполняете роль не налогоплательщика, а налогового агента.

С уважением Евгений Беляев

Добрый вечер! Поскольку у Вас заказано мнение нескольких юристов к сказанному коллегой добавлю, что в случае если помимо арендной платы Вы оплачиваете коммуналку, то платежи, не обусловленные показаниями приборов учета также образуют у арендодателя физлица налогооблагаемый доход в том числе если такие платежи Вы производите непосредственно в адрес ресурсоснабжающей организации ( ст. 211 НК РФ).