Вы, зарегистрированы в качестве индивидуального предпринимателя как физическое лицо и занимаетесь предпринимательством, имея статус физического лица, а не юридического. По сути, Вы производите мусор, как человек, один раз, не зависимо от своего статуса. Статус ИП Вы имеете для ФНС в целях учета Вашей предпринимательской деятельности. Поскольку Вы на дому не занимаетесь такой деятельностью, то дополнительно от Вашей деятельности мусора по месту регистрации ИП не образуется. А как физлицо договор по аналогичному обязательству Вы уже заключили.
К коммунальным отходам относятся отходы, образующиеся в процессе деятельности юридических лиц, ИП, и подобные по составу отходам, образующимся в жилых помещениях в процессе потребления физическими лицами. В Вашем случае Вы, как гражданин и ИП, как налогоплательщик, совпадаете в одном физическом лице, поэтому дважды платить оснований не имеется.
С другой стороны, в силу принципа двойственности, применяется существующее положение, пока не доказано иное.