Добрый день. Требование арендатора вернуть всю «переплату» за три года не является бесспорным, и я бы сейчас деньги добровольно не возвращал.
Из п. 3.2 договора не следует, что арендатор обязан оплачивать только воду и электроэнергию по счётчикам. Формулировка «коммунальные услуги, включая электроэнергию и воду» означает, что перечень ими не ограничивается. По ст. 154 ЖК РФ к коммунальным услугам относятся также отопление, водоотведение, газ, обращение с ТКО и др. Поэтому в этой части трактовка арендатора слишком узкая. По общему правилу ст. 678 ГК РФ наниматель также самостоятельно оплачивает коммунальные платежи, если договором не предусмотрено иное.
Однако есть нюанс: плата за содержание жилого помещения, управление и текущий ремонт общего имущества, коммунальные ресурсы на содержание общего имущества, а также взнос на капитальный ремонт юридически не являются той же самой категорией, что «коммунальные услуги». Для собственника они выделены ст. 154 ЖК РФ отдельно. Поэтому если в договоре больше нигде прямо не предусмотрено возмещение арендатором всей квитанции, именно по этим строкам у него есть аргументы для спора.
Вместе с тем в Вашу пользу работает то, что при заселении была договорённость об оплате всей квитанции и затем на протяжении трёх лет арендатор именно так исполнял договор без возражений. По ст. 431 ГК РФ при толковании спорного условия суд учитывает не только его буквальный текст, но и переговоры сторон, сложившуюся практику отношений и последующее поведение. Три года регулярной оплаты полной квитанции — существенное доказательство того, как сами стороны понимали свои договорённости. Особенно хорошо, если сохранилась переписка, где Вы направляли полную квитанцию, называли общую сумму к оплате, а арендатор её подтверждал и перечислял.
Если он пойдёт в суд, вероятнее всего, требование будет заявляться как возврат неосновательного обогащения по ст. 1102 ГК РФ. Тогда придётся разбирать каждый вид платежа и основание его получения, а не просто взять всю разницу между показаниями счётчиков и общей квитанцией и автоматически взыскать её с Вас. Общий срок исковой давности составляет три года, причём при споре его необходимо отдельно заявлять в суде.
Поэтому сейчас попросите арендатора изложить требование письменно и представить помесячный расчёт: какие именно строки квитанций он считает переплатой и какую сумму требует вернуть. Ничего письменно не признавайте и соглашение о возврате пока не подписывайте. Сохраните договор, все квитанции за три года, банковские переводы и особенно переписку об оплате полной суммы.
Если пришлёте договор полностью и несколько примеров квитанций, я смогу разделить платежи на те, которые однозначно обязан был оплачивать арендатор, и спорные позиции, а также подготовить мотивированный ответ на его требование.