Здравствуйте Лидия. Да, в соответствии со ст. 100 НК РФ, вы имеет право подать возражение на акт. Оно подается в туже инспекцию, которая составила акт. Вас вызовут на рассмотрение материалов проверки. По итогам рассмотрения примут решение (ст. 101 НК РФ). Что касается ваших возражений то ссылка на п. 17.1 ст. 217 НК РФ не совсем корректна, т.к. она отсылочная и ведет на ст. 217.1 НК РФ.
Кроме этого, в возражениях на акт КНП по НДФЛ с продажи гаража, приобретённого по паю в ГСК, укажите: полное наименование ИФНС, ваши ФИО, ИНН, адрес, номер и дату акта; что вы не согласны с суммой доначисленного налога (или отказом в учёте расходов) и почему; дату приобретения гаража через ГСК (дата вступления в кооператив, дата первого паевого взноса), дату полной выплаты пая (справка правления ГСК, протокол, платёжные документы), дату продажи и цену по договору; что право собственности возникло у вас в момент полной выплаты пая по п. 4 ст. 218 ГК РФ, даже если регистрация в ЕГРН была позже, поэтому срок владения считается с даты выплаты последнего взноса, а не с даты госрегистрации.
Так как спор о сроке владения — ссылайтесь на п. 4 ст. 218 ГК РФ и разъяснения ФНС/ВС РФ о том, что для кооперативного имущества момент возникновения права — полная выплата пая, а не регистрация; приложите копии всех документов о членстве в ГСК, выплате паевых взносов, справке о полной выплате, договора уступки пая (если был), договора купли-продажи гаража,
В резолютивной части попросите не выносить решение о привлечении к ответственности и доначисления НДФЛ.