Будет ли это считаться устранением нарушения при переводе, ведь согласия так и не было, с приказом о переводе

Юридическая оценка вашей ситуации
Краткий ответ: Подписание дополнительного соглашения сейчас не является законным оформлением перевода, который произошел 2 года назад, но фактически оно закрепляет ваши новые трудовые отношения на будущее. С юридической точки зрения, этот документ будет иметь силу с даты его подписания, а не с даты фактического начала работы в новой должности.

Развернутое обоснование:

Порядок перевода по закону. Согласно статье 72 ТК РФ, изменение определенных сторонами условий трудового договора (а перевод на другую должность — это именно такое изменение) допускается только по соглашению сторон, заключаемому в письменной форме -8. Это значит, что два года назад должно было быть подписано дополнительное соглашение, издан приказ о переводе (форма № Т-5), и вы должны были быть ознакомлены с ним под подпись -8. Тот факт, что вы фактически приступили к работе, но документы не подписыли, является нарушением процедуры со стороны работодателя.
Чем является предлагаемое сейчас соглашение. Работодатель, приводя документацию в порядок, предлагает вам подписать дополнительное соглашение к старому трудовому договору. По своей юридической природе:

Это не новый трудовой договор, так как он не заменяет старый, а лишь изменяет его условия.
Это не ретроспективное оформление перевода. В российском трудовом праве крайне редко допускается придание документам обратной силы (законной силы «задним числом») без рисков для сторон -4. Даже если в соглашении будет указана дата двухлетней давности, это не будет означать, что вы считаетесь переведенным с того момента задним числом — скорее, это создаст риск признания документа недействительным или споров с трудовой инспекцией -4.
По сути, это оформление ваших текущих отношений. Подписывая его сейчас, вы фиксируете, что с текущего момента (даты подписания) работаете на новой должности на условиях, прописанных в этом допсоглашении.
Проблема отсутствия согласия 2 года назад. Ключевой момент: у работодателя по-прежнему нет вашего письменного согласия на перевод двухгодичной давности. Подписывая документ сейчас, вы даете согласие на работу в этой должности только сейчас. Все, что было до подписания, де-юре остается «белым пятном»: вы работали, а документов, изменяющих ваш договор, не существовало. Это может иметь значение, например, при подсчете стажа для льгот или при расчете среднего заработка за прошлые периоды, если возникнет спор.
Какие последствия вас ждут?
 
 
Последствие
Описание риска/особенности
Для вас
Подписав соглашение, вы легализуете свое нахождение в новой должности на будущее. Однако вы можете потерять возможность оспорить тот факт, что два года вы работали без оформления (например, если бы захотели требовать оплату сверхурочных или иных выплат, полагающихся именно по этой должности, а работодатель заявил бы, что официально вы на нее не переведены).
Для работодателя
Подписание соглашения с вами сейчас не устраняет полностью его нарушение, допущенное 2 года назад. Государственная трудовая инспекция при проверке все равно может зафиксировать факт отсутствия документов о переводе в тот период и оштрафовать работодателя по ч. 4 ст. 5.27 КоАП РФ за ненадлежащее оформление трудовых отношений. Однако ваша подпись на соглашении снижает риск того, что вы сами подадите на него в суд за это нарушение.
Что делать и на что обратить внимание?
Поскольку работодатель приводит документы в порядок, и вы, судя по всему, не против продолжать работать в новой должности, подписание соглашения — в ваших интересах, чтобы официально закрепить свой статус. Однако подходить к этому стоит осознанно.

Внимательно изучите текст соглашения. В нем должно быть четко указано:

Ваша новая должность.
Структурное подразделение (если оно менялось).
Новый размер оплаты труда (оклад, надбавки).
Самое главное — дата, с которой вы считаетесь работающим в этой должности. Лучше, чтобы это была текущая дата.

Почему это важно: Если работодатель настаивает на дате двухлетней давности, вежливо укажите, что это некорректно. Это может быть расценено как фальсификация документов -4. Юридически чище оформить отношения с сегодняшнего дня.
Убедитесь в отсутствии ухудшений. Проверьте, не изменились ли условия оплаты труда по сравнению с тем, что вы получаете сейчас. Работодатель не имеет права в одностороннем порядке ухудшать ваше положение -1-7.
Потребуйте издания приказа. После подписания дополнительного соглашения работодатель обязан издать приказ (распоряжение) о переводе по унифицированной форме Т-5, где в графе «Основание» будут указаны реквизиты вашего дополнительного соглашения -8. Убедитесь, что вас ознакомили с этим приказом под подпись.
Проверьте трудовую книжку. Если запись о переводе двухгодичной давности в вашей трудовой книжке отсутствует, работодатель должен внести ее сейчас. Согласно правилам, запись вносится на основании приказа о переводе -8. Дата записи в трудовой должна соответствовать дате приказа, а не дате, когда вы фактически начали работать.
Резюме: Подписание дополнительного соглашения сейчас — это оформление вашего перевода на текущий момент. Оно не узаконивает предыдущие два года «задним числом», но фиксирует ваши отношения на будущее и не дает работодателю возможности обвинить вас в том, что вы самовольно заняли должность.