Здравствуйте.Работала три года неофициально.Трудового договора нет, договора о материальной

С учётом моего уточнение  выше далее:

Если вести речь о фактических трудовых отношениях.

В соответствии с положениями статьи ТК РФ Статья 16. Основания возникновения трудовых отношений.

Из статьи следует, что:

Трудовые отношения между работником и работодателем возникают также на основании фактического допущения работника к работе с ведома или по поручению работодателя или его уполномоченного на это представителя в случае, когда трудовой договор не был надлежащим образом  оформлен.-http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/3c92ae8cb5e74f9f61fa1592dc431e3747b65015/

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

Валерия ответьте на мое уточнение выше и ознакомьтесь с моими ответами на Ваш вопрос, я отвечаю Вам первым.

Привлечь сотрудника в случаи наличия недостачи возможно если есть доказательства хищения.

Обычно это или записи с камер или фиксация выноса или еще что то подобное. То есть что ясно указывает на то, что работник совершил преступное деяние.

УК РФ Статья 160. Присвоение или растрата
1. Присвоение или растрата, то есть хищение чужого имущества, вверенного виновному, -

 
наказываются штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо обязательными работами на срок до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до шести месяцев, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо лишением свободы на тот же срок.

далее.

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 30.11.2017 N 48  «О судебной практике по делам о мошенничестве, присвоении и растрате»
 

24. При рассмотрении дел о преступлениях, предусмотренных статьей 160 УК РФ, судам следует иметь в виду, что присвоение состоит в безвозмездном, совершенном с корыстной целью, противоправном обращении лицом вверенного ему имущества в свою пользу против воли собственника.

вот, что под этим понимается.

.Спустя два месяца говорят недостача.Угрожают полицией.Посоветуйте что делать ?

Похоже что работодатель просто столкнулся с трудностями и решил что то с вас взять

Подобные ситуации случаются достаточно часто.