Здравствуйте.
Трехлетний срок отсчитывается не с момента получения в собственность старой квартиры, поскольку никаких исключений из общего правила здесь нет — срок владения старой квартирой при расчете срока владения не учитывается.
В Письме Минфина России от 17.10.2012 N 03-04-05/10-1199:
Учитывая изложенное, срок владения новой квартирой для целей определения размера предоставляемого имущественного налогового вычета, предусмотренного пп. 1 п. 1 ст. 220 Кодекса, исчисляется с даты государственной регистрации права собственности на новую квартиру.
Аналогичная информация содержится и в Письме Минфина РФ от 14 марта 2013 г. N 03-04-07/7757.
В более подих письмах Минфина РФ также указано (Письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 25 августа 2017 г. N 03-04-05/54847), что при продаже квартиры, полученной по программе переселения и находившейся в собственности менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 Кодекса, налогоплательщик вправе получить имущественный налоговый вычет в сумме, полученной налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи квартиры, но не превышающей 1 млн рублей, либо уменьшить доходы от продажи указанной квартиры на сумму произведенных расходов, связанных с ее приобретением. В расходы, связанные с приобретением указанной квартиры, подлежит включению стоимость, указанная в соответствующем договоре о мене.
Таким образом, на мой взгляд, требование об уплате НДФЛ правомерно, если расчет его учитывает в том числе и расходы на приобретение новой квартиры по договору мены.
Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией.