Никита Валентинович, здравствуйте.
Если у Вас в договоре указано, что доплата осуществляется по соглашению сторон, то предполагается, что Вы и застройщик должны такого соглашения достигнуть. Направьте застройщику письмо с Вашим видением этого соглашения (почтовым отправлением с описью вложений и уведомлением о вручении). Рекомендую письменно обосновать Вашу позицию, например, несущественным изменением площади, а также приложить подписанный Вами вариант акта. Это также необходимо для того, чтобы застройщик был не вправе подписать односторонний акт, основываясь на Вашем уклонении от подписания.
По срокам. Порядок и сроки передачи квартиры определяются ст. 8 Федерального закона 214-ФЗ (в случае, если Вы являетесь участником долевого строительства). Указанный закон оперирует понятием «дата получения уведомления участником долевого строительства». Сроки подписания акта отсчитываются от этой даты. Срок, в который дольщик должен приступить к приемке квартиры определяется договором, если в договоре срок не определен, то в течение семи рабочих дней с даты получения сообщения от застройщика.
Также Вы вправе потребовать от застройщика составления акта, в котором указывается несоответствие объекта долевого строительства договору и другим обязательным требованиям.