Здравствуйте!
Если в договоре действительно указано лишь 5 рабочих дней, то слова начальника как максимум могут носить характер просьбы, можете смело их игнорировать и просто не являться по его «указанию» в Ваш законный выходной день.
Вообще при оформлении договора Вам должны были выдать второй экземпляр — ст.67 Трудового кодекса:
Трудовой договор заключается в письменной форме, составляется в двух экземплярах, каждый из которых подписывается сторонами. Один экземпляр трудового договора передается работнику, другой хранится у работодателя. Получение работником экземпляра трудового договора должно подтверждаться подписью работника на экземпляре трудового договора, хранящемся у работодателя.
Напишите письменное заявление своему работодателю о выдаче второго экземпляра трудового договора, со ссылкой на норму, которую я Вам привел.