Как перевести эту недвижимость на физлицо или другое ООО с минимальными налогами?

Ярослав, здравствуйте.
Деятельность ООО продолжает осуществлять? Ликвидация не планируется?
На самом деле законных вариантов, не сопряженных с риском, не так уж много.
1. Просто продаем по рыночной цене. Тут возникает НДС20% и Налог на прибыль в размере 20% от разницы между ценой продажи и остаточной стоимостью имущества в налоговом учете. Если ООО продает учредителю, которому должно по договору займа, тогда задолженность по оплате за сделку по продаже недвижимости можно зачесть в счет займа, но на налоги это никак не повлияет, только на оплату.
2. Продаем значительно ниже рыночной стоимости. Если продавать участнику, то это сразу вызовет претензии ФНС в рамках контроля сделок с взаимозависимыми лицами (раздел V.1 НК РФ) и доначисление налогов по рыночной стоимости, этот вариант совершенно невозможен. Продажа лицу, никак не связанному с ООО и с его участниками возможна, но тоже рискованна. Например, исходя из Письма ФНС России от 27.11.2017 N ЕД-4-13/23938@ можно сделать вывод, что если установление заведомо нерыночной цены не было обусловлено разумными причинами, а преследовало своей целью получить прежде всего налоговую экономию (необоснованную налоговую выгоду), то доначисление налогов возможно. В свою очередь, в определении ВС РФ от 22.07.2016 N 305-КГ16-4920 делается вывод, что отличие примененной налогоплательщиком цены от уровня цен, обычно применяемого по идентичным (однородным) товарам, работам или услугам другими участниками гражданского оборота, не может служить самостоятельным основанием для вывода о неисполнении участником сделки обязанности по уплате налогов и возникновении у него недоимки, определяемой исходя из возникшей ценовой разницы. Таким образом, высока вероятность претензий со стороны налоговых органов, но есть шансы их отсудить.
3. Есть вариант (если он приемлем и возможен по критериям НК РФ) с нового года перевести ООО на УСН 6% «Доходы» или 15% «Доходы — Расходы», но тогда  придется восстановить НДС пропорционально его остаточной стоимости (п. 3 ст. 170 НК РФ). Учесть в расходах ОС при переходе с ОСНО на УСН 15% «Доходы — Расходы» можно в рамках остаточной стоимости. Но тогда обратно на ОСНО перейти можно либо со следующего года, либо при утрате ООО права на УСН. Отмечу, что при утрате права на УСН придется начислить НДС и налог на прибыль на все сделки с начала того квартала, когда право на УСН было утрачено.
4. Довольно необычным вариантом будет вариант, когда ООО — собственник недвижимости создает другое ООО и вносит объект, который хочет продать, в качестве взноса в уставный капитал. Обратите внимание, что в этом случае размер вклада имуществом, подлежит независимой оценке. Отмечу, что в этом случае организация, передающая основное средство в уставный капитал, должна восстановить НДС пропорционально его остаточной стоимости (п. 3 ст. 170 НК РФ). Поэтому этот вариант будет выгодным только при продаже объектов с высокой степенью износа, что похоже не ваш случай. Правда при этом, принимающая взнос компания затем может взять восстановленный НДС к вычету (п. 8 ст. 172 и п. 11 ст. 171 НК РФ), но нужно анализировать насколько этот вариант приемлем. В дальнейшем созданное ООО можно продать. Обращу также внимание, что данный вариант, несмотря на его абсолютную законность, ФНС может счесть схемой по минимизации налогообложения.
Пожалуй, это все варианты. В общем то, чтобы определить лучший вариант, нужно сесть и просчитать все варианты в конкретных цифрах.
Если какой-то из них вы желаете обсудить максимально подробно, то предлагаю сделать это в чате в рамках отдельной консультации.

Здравствуйте!

важно еще и назначение недвижимости, поскольку реализация жилой НДС не облагается в силу пп.22 п.3 ст.149 НК.

давайте рассмотрим варианты передачи, за исключением продажи/мены, которые очевидны.

1 вариант с учетом

У ООО есть долг перед учредителями по договорам займа.

при передаче имущества в качестве отступного происходит передача права собственности на возмездной основе и следовательно, по ст.38 НК указанная передача имущества признается реализацией.

поэтому при передаче организацией (заемщиком) физ. лицу (заимодавцу) имущества в счет погашения обязательства по договору займа стоимость этого имущества включается в состав доходов от реализации.

таким образом, ООО уплатит налог на прибыль и вероятно НДС, а участник-займодавец — НДФЛ с суммы процентов по займу.

2 вариант.

согласно п.4 ст.19 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью» по решению общего собрания участников, принятому всеми участниками единогласно, участники общества в счет внесения ими дополнительных вкладов вправе зачесть денежные требования к обществу.
в соответствии пп.3 п.1 ст.251 НК при определении налоговой базы по налогу на прибыль не учитываются доходы налогоплательщика в виде имущества, имущественных прав или неимущественных прав, имеющих денежную оценку, которые получены в виде взносов (вкладов) в уставный капитал организации.
следовательно, при внесении денежных требований участников в оплату вкладов в УК, УК которого увеличивается путем зачета, доход, подлежащий налогообложению налогом на прибыль у организации, не возникает.

далее, при ликвидации организации оставшееся имущество распределяется между бывшими участниками.

доход, полученный налогоплательщиком в виде имущества, передаваемого ему при ликвидации организации, является доходом в натуральной форме, налоговая база в отношении которого определяется в соответствии со ст.211 НК. налоговая база определяется как стоимость имущества, исчисленная исходя из цен, определяемых в порядке, аналогичном предусмотренному ст.105.3 НК.

при этом, по пп.2 п.2 ст.220 НК Вы вправе воспользоваться налоговым имущественным вычетом и уменьшить сумму доходов на сумму фактически произведённых им и документально подтверждённых расходов, связанных с приобретением этого имущества, т.е. расходов, связанных с приобретением доли в УК.

таким образом, полученный при ликвидации общества доход в размере рыночной стоимости переданного налогоплательщику недвижимого имущества может быть уменьшен на сумму фактически произведённых налогоплательщиком и документально подтверждённых расходов, связанных с приобретением доли в уставном капитале ликвидированного общества.

на мой взгляд, 2-ой вариант может быть оптимальным, конечно, в случае соразмерности стоимости переданного имущества и стоимости его доли в УК.