Законодательство требует указания НДС в счете-фактуре в рублях и копейках. В первичных документах (накладных, актах и т.п.) указывается сумма НДС, которая предъявляется покупателю. Исходя из этой суммы формируется счет-фактура. Поэтому НДС в первичных документах необходимо указывать в рублях и копейках.
В соответствии с подп. 11 п. 5 ст. 169 НК РФ в счете-фактуре, выставляемом при реализации товаров (работ, услуг), должна быть указана сумма налога на добавленную стоимость, предъявляемая покупателю товаров (работ, услуг), имущественных прав, определяемая исходя из применяемых налоговых ставок.
Согласно п. 8 ст. 169 НК РФ порядок заполнения счета-фактуры устанавливается Правительством РФ.
В соответствии с п. 3 Правил заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утв. Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 г. N 1137 стоимостные показатели счета-фактуры, в том числе в графе 8 «Сумма налога, предъявляемая покупателю», указываются в рублях и копейках.
Существует правило, изложенное в п. 6 ст. 52 НК РФ об округлении суммы налога, согласно которому сумма налога исчисляется в полных рублях. Сумма налога менее 50 копеек отбрасывается, а сумма налога 50 копеек и более округляется до полного рубля.
Однако данная ст. 52 НК РФ регулирует порядок исчисления суммы налога, подлежащей уплате в бюджет за налоговый период, которая отражается в налоговой декларации.
Таким образом, правило об округлении суммы налога, предусмотренное в п. 6 ст. 52 НК РФ не применяется к сумме НДС, предъявляемой продавцом покупателю товаров (работ, услуг) и указываемой в счетах-фактурах.
Согласно п. 2 ст. 11 НК РФ недоимкой признается сумма налога, не уплаченная в установленный законодательством о налогах и сборах срок.
В письме Минфина РФ от 15.10.2019 г. № 02-07-10/79001 указано, что разница между исчисленной в полных рублях суммой налога на добавленную стоимость, подлежащей уплате в бюджет за налоговый период, которая отражается в декларации по данному налогу, и суммой налога, указанной за соответствующий налоговый период в книге продаж, на основании которой составляется налоговая декларация, недоимкой не признается.