Здравствуйте, Айгуль. Ответственности за несвоевременное выделение долей детям после погашения ипотеки сейчас в законодательстве не существует, так что сейчас ничего не будет — если пойдете и выделите доли и зарегистрируете надлежащим образом. Но если вообще не выделите, а потом захотите продать квартиру и приобрести другую — вот тогда проблемы будут, могут потребовать назад средства МК, также органы опеки и прокуратуры могут оспорить ваши сделки по купле-продаже. Поэтому идите сейчас, выделяйте доли, регистрируйте в Росреестре.
Всего доброго.