Здравствуйте!
Если хозяин квартиры решит возместить себе расходы, которые он понес в результате указанных Вами событий, то он может предложить Вам с начала в добровольном порядке, а впоследствии через суд (если Вы откажетесь погашать ущерб добровольно) погасить все понесенные им затраты. Как доказательство в суде он может использовать показания соседей, Вашу переписку с ним в телефоне, с целью доказать Ваше фактическое проживание в данной квартире.
Однако, если Вы в период затопления действительно не находились в этом помещении, как я понимаю Вы не проживаете в этом городе, то как доказательство Вашей непричастности к данному происшествию, Вы можете предъявить документы подтверждающие Ваше присутствие в другом населенном пункте в данное время (билеты на дорогу туда и обратно, другие документы).В данном случае, при самом неблагоприятном раскладе все обвинения в Ваш адрес будут сняты.