Предусмотрены ли какие-то штрафные санкции?

Здравствуйте, Ольга!

Да, Ваш сын сможет получить диплом после возвращения из армии, восстановившись в своем учебном заведении. Штрафные санкции со стороны военкомата или государства за это не предусмотрены, так как призыв на срочную службу является законной и уважительной причиной для прерывания обучения. 
Чтобы избежать отчисления за прогулы, Вашему сыну до убытия на службу необходимо:
Обратиться в деканат с заявлением на оформление академического отпуска в связи с призывом на военную службу.
Приложить к заявлению копию повестки с датой отправки.
Получить приказ ректора об академическом отпуске. 

После возвращения из армии Ваш сын сможет написать заявление о выходе из академического отпуска, ликвидировать оставшиеся академические задолженности (если они будут) и защитить диплом в ближайший аттестационный период.