Виктория, здравствуйте.
Если хищение работник совершил в отношении имущества работодателя, работодатель вправе сам решать, обращаться ли в правоохранительные органы по данному факту. Если работодатель принял решение не добиваться привлечения работника к уголовной ответственности — это его право. Укрывательством преступления это являться не будет, независимо от размера ущерба.
Что касается увольнения работника в связи с утратой доверия:
ТК РФ Статья 81. Расторжение трудового договора по инициативе работодателя
Трудовой договор может быть расторгнут работодателем в случаях:…
7) совершения виновных действий работником, непосредственно обслуживающим денежные или товарные ценности, если эти действия дают основание для утраты доверия к нему со стороны работодателя;…
Увольнение по данной статье возможно в случае, если:
1. В должностные обязанности работника входит обслуживание денежных или товарных ценностей.
2. В ходе проверки работодатель должен установить вину работника.
Особое внимание нужно обратить на соблюдение работодателем процедуры привлечения к дисциплинарной ответственности, в частности наличию объяснений работника. В данном случае желательно иметь объяснения работника, в которых он полностью признает вину, обещает возместить ущерб и пр.