Здравствуйте, Алёна. Если в договоре Арендатором будет указан сотрудник компании, то и обязанности по договору, в том числе по внесению арендной платы будут на сотруднике, а не на компании. Для того чтобы обязательства появились у самой компании, арендодателем в договоре должно быть указано ООО.
Согласно п. 2 ст. 671 ГК РФ
Юридическим лицам жилое помещение может быть предоставлено во владение и (или) пользование на основе договора аренды или иного договора. Юридическое лицо может использовать жилое помещение только для проживания граждан.
Исходя из этого договор с сотрудником компании будет называться договором найма жилого помещения, а с ООО — договором аренды.
Возможен вариант, когда у сотрудника компании есть доверенность на право заключения и подписания договора аренды, в этом случае сотрудник ООО может подписать договор от имени ООО, но арендатором всё равно должно быть указано ООО в лице данного сотрудника. При таком варианте оплачивать аренду будет ООО.
В этом случае заключается договор аренды жилого помещения (квартиры) для проживания в нем работника организации в соответствии с п. 2 ст. 671 ГК РФ. Организация платит арендную плату за проживание работника, с работника удерживается НДФЛ в силу п. 1 ст. 211 НК РФ:
К доходам, полученным налогоплательщиком в натуральной форме, частности, относится оплата (полностью или частично) за него организацией товаров (работ, услуг) или имущественных прав, в том числе коммунальных услуг, питания, отдыха, обучения в интересах налогоплательщика (пп. 1 п. 2 ст. 211 НК РФ).
Как указано в Письме Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России от 17 июля 2015 г. N 03-08-05/41253:
http://base.garant.ru/71159978/#ixzz5k7tTHnRb
Таким образом, с суммы дохода работника в виде арендной платы удерживается и перечисляется НДФЛ налоговым агентом-работодателем.