Кирилл Николаевич, здравствуйте!
Прогул — это отсутствие работника на рабочем месте без уважительных причин. Если Вы действительно были нетрудоспособны (и этому есть подтверждение в медицинских документах — медкарте и пр.) и по этой причине отсутствовали на работе, наказать Вас не могут даже при неверно оформленном больничном листе.
Кроме того, дисциплинарное взыскание (таким является и увольнение по инициативе работодателя за совершение прогула) может быть наложено (согласно ст.193 ТК РФ) в течение одного месяца с момента совершения и при строгом соблюдении процедуры:
До применения дисциплинарного взыскания работодатель должен затребовать от работника письменное объяснение. Если по истечении двух рабочих дней указанное объяснение работником не предоставлено, то составляется соответствующий акт.
Непредоставление работником объяснения не является препятствием для применения дисциплинарного взыскания.
Дисциплинарное взыскание применяется не позднее одного месяца со дня обнаружения проступка, не считая времени болезни работника, пребывания его в отпуске, а также времени, необходимого на учет мнения представительного органа работников.
Дисциплинарное взыскание не может быть применено позднее шести месяцев со дня совершения проступка, а по результатам ревизии, проверки финансово-хозяйственной деятельности или аудиторской проверки — позднее двух лет со дня его совершения. В указанные сроки не включается время производства по уголовному делу.
За каждый дисциплинарный проступок может быть применено только одно дисциплинарное взыскание.
Приказ (распоряжение) работодателя о применении дисциплинарного взыскания объявляется работнику под роспись в течение трех рабочих дней со дня его издания, не считая времени отсутствия работника на работе. Если работник отказывается ознакомиться с указанным приказом (распоряжением) под роспись, то составляется соответствующий акт.
Дисциплинарное взыскание может быть обжаловано работником в государственную инспекцию труда и (или) органы по рассмотрению индивидуальных трудовых споров.
Таким образом, самое худшее, что может Вам грозить — это неоплата части больничного листа, но и ее можно успешно обжаловать.
По факту больничный лист оформлен, т.е. он не был признан никем не действующим или выписанным с нарушениями в установленном законом порядке.
Согласно Приказу Минздравсоцразвития РФ
от 5 мая 2012 года N 502н
Об утверждении порядка создания и деятельности врачебной комиссии медицинской организации
Вы вправе также самостоятельно обратиться непосредственно к врачебной комиссии с письменным обращением по поводу данной ситуации и получить от них соответствующий официальный ответ, согласно которому будет решен вопрос, либо о признании больничного листа выписанного с нарушениями. либо врачебная комиссия закрепит его своим решением.