Здравствуйте, Алина.
В соответствии с п. 56 Приказа Минтранса России от 19.12.2013 N 473 (ред. от 30.11.2016) «Об утверждении Правил перевозок пассажиров, багажа, грузобагажа железнодорожным транспортом», физическое лицо, не предъявившее уполномоченному перевозчиком лицу при проверке наличия и действительности проездных документов (билетов) в поезде или при выходе через пункт контроля действительного проездного документа (билета) либо документов, подтверждающих право на бесплатный или льготный проезд, является безбилетным.
В соответствии с п. 57 указанного Приказа, безбилетное физическое лицо, обнаруженное в поезде дальнего следования или пригородного сообщения, обязано приобрести проездной документ (билет) с внесением платы за проезд исходя из действующих тарифов в соответствии с категорией поезда, типом и классом вагона, местом в вагоне и маршрутом следования, указанным безбилетным физическим лицом, но не менее чем за расстояние от последнего пункта отправления, в том числе последней железнодорожной станции отправления, где совершал остановку этот поезд, до указанного безбилетным физическим лицом пункта назначения, в том числе железнодорожной станции назначения, а также сбора за оказание услуги по оформлению проездного документа (билета) в поезде с оформлением соответствующего документа.
В случае обнаружения безбилетного физического лица при выходе через пункт контроля плата за проезд взимается за расстояние от указанного им пункта отправления, в том числе железнодорожной станции отправления, до пункта назначения, в том числе железнодорожной станции назначения, где расположен пункт контроля, а также сбор за оказание услуги по оформлению проездного документа (билета).
В случае отсутствия возможности оформить проезд на свободное место в поезде дальнего следования или пригородного сообщения с указанием места, безбилетное физическое лицо обязано оплатить стоимость проезда от указанного им пункта отправления, в том числе железнодорожной станции отправления, до ближайшей железнодорожной станции, на которой безбилетное физическое лицо удаляется из поезда, и сбор за оказание услуги по оформлению проездного документа (билета) в поезде. При этом безбилетному физическому лицу уполномоченным перевозчиком лицом оформляется проездной документ (билет) без предоставления места.
Законодательно ваш случай никак не урегулирован, поэтому по закону вы считаетесь безбилетным пассажиром, если вас поймали на контроле билетов. В любом случае нужно оперировать сложившейся ситуацией и обстоятельствами, доказывать свою правоту и находить с сотрудниками РЖД компромисс.
Судя по Вашему пояснению, ситуация вопиющая. Вам надо коллективно обратиться с жалобой в РЖД.