Добрый день, Денис!
То, что Вы проживаете отдельно от своей супруги не лишает Вас право на совместное проживание с ней в квартире, предоставленной по договору социального найма на основании:
Жилищный кодекс. Статья 69. Права и обязанности членов семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма
2. Члены семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма имеют равные с нанимателем права и обязанности.
Но тут есть оговорка, если в данной квартире на каждого проживающего менее 15 кв.м. Вы также можете претендовать на единовременную социальную выплату на основании:
Федеральный закон от 30.12.2012 N 283-ФЗ
«О социальных гарантиях сотрудникам некоторых федеральных органов исполнительной власти и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации»
3. Единовременная социальная выплата предоставляется сотруднику в пределах бюджетных ассигнований, предусмотренных соответствующему федеральному органу исполнительной власти, по решению руководителя федерального органа исполнительной власти, в котором проходят службу сотрудники, или уполномоченного им руководителя при условии, что сотрудник:
1) не является нанимателем жилого помещения по договору социального найма или членом семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма либо собственником жилого помещения или членом семьи собственника жилого помещения;
2) является нанимателем жилого помещения по договору социального найма или членом семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма либо собственником жилого помещения или членом семьи собственника жилого помещения и обеспечен общей площадью жилого помещения на одного члена семьи менее 15 квадратных метров;
3) проживает в помещении, не отвечающем установленным для жилых помещений требованиям, независимо от размеров занимаемого жилого помещения;
4) является нанимателем жилого помещения по договору социального найма или членом семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма либо собственником жилого помещения или членом семьи собственника жилого помещения, если в составе семьи имеется больной, страдающий тяжелой формой хронического заболевания, при которой совместное проживание с ним в одной квартире невозможно, и не имеет иного жилого помещения, занимаемого по договору социального найма либо принадлежащего на праве собственности. Перечень соответствующих заболеваний устанавливается уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти;
5) проживает в коммунальной квартире независимо от размеров занимаемого жилого помещения;
6) проживает в общежитии;
7) проживает в смежной неизолированной комнате либо в однокомнатной квартире в составе двух семей и более независимо от размеров занимаемого жилого помещения, в том числе если в состав семьи входят родители и постоянно проживающие с сотрудником и зарегистрированные по его месту жительства совершеннолетние дети, состоящие в зарегистрированном браке.
Такой подход создан для того, что сотрудники ФСИН (да и не только) не смогли дважды получить «жилищную субсидию» от государства (и от ФСИН, и от муниципалитета, приватизировав квартиру по соц найму).
Так что смотрите на п.3 (который я привёл выше) и выбирайте тот пункт под который Вы подходите для получения единой социальной выплаты.
В дополнение.
Если Вы один будете признаваться нуждающимся, то жилое помещение Вашей супруги не должно учитываться, так как Вы проживаете раздельно, ее указывать в качестве члена семьи в смысле Жилищного кодекса РФ не нужно.