Здравствуйте.
Если основной работник, на место которого вы приняты по срочному договору, выйдет на работу в период вашего отпуска по беременности и родам, вам нужно будет подать работодателю заявление о продлении срока договора до окончания отпуска по беременности и родам (больничного).
Может быть, даже лучше подать такое заявление заблаговременно, если есть основания предвидеть, что такое может произойти. Укажите, что «на основании ст. 261 ТК РФ, если в период моего отпуска по беременности и родам ФИО выйдет на работу, прошу продлить срок моего трудового договора до окончания моего отпуска по беременности и родам».
По смыслу ч. 1, 2 ст. 261 ТК РФ, если прекращение трудовых отношений не зависит от воли работодателя, а связано с истечением срока договора, работодатель обязан во всяком случае продлить трудовые отношения до окончания беременности работницы (если она закончилась не родами) либо срока отпуска по беременности и родам.
Пособие вам возвращать не придется, не волнуйтесь.