Порядок выплаты премий, как годовой, так и квартальных, и ежемесячных регулируется локальными актами учреждения (коллективным договором, положением о премировании и т.д.).
В некоторых организациях такими актами установлено, что не подлежат выплате премии по итогам года, если работник уволился в течение года без уважительных причин.
В некоторых организациях — наоборот предусматривается выплата по итогам года пропорционально отработанному времени.
К сожалению и первое, и второе — законно, поскольку Трудовой кодекс устанавливает альтернативу локальным актам.
В связи с чем однозначно Вам ответить без ознакомления с локальными актами организации невозможно