Как вернуть деньги организации с банка который прекратил обслуживать счета

Егор,
В связи с незастрахованностью таких денежных средств руководителям компаний нужно изначально серьезно подходить к выбору кредитной организации.

Я лично всегда рекомендую Сбербанк России.
Поскольку при отзыве у банка лицензии приостанавливаются любые операции, прекращается прием и осуществление платежей (лишь денежные средства, поступившие после дня отзыва лицензии возвращают плательщикам на счета в банках-отправителях), то вернуть деньги со счета оказывается практически невозможным.
После отзыва у кредитной организации лицензии на осуществление банковских операций кредитная организация должна быть ликвидирована в соответствии с требованиями ст. 23.1 Закона N 395-1 «О банках и банковской деятельности», а в случае признания ее банкротом — в соответствии с требованиями Федерального закона от 25.02.1999 N 40-ФЗ «О несостоятельности (банкротстве) кредитных организаций»
Банк России обязан назначить временную администрацию в кредитную организацию не позднее дня, следующего за днем отзыва у кредитной организации лицензии на осуществление банковских операций. Временная администрация устанавливает кредиторов банка и размеры их требований по денежным обязательствам, и действует до вынесения арбитражным судом решения об открытии конкурсного производства или начале процедуры ликвидации.
Поэтому, при наличии на расчетном счете определенной денежной суммы необходимо подать заявление с информацией о себе (наименование, регистрационные данные, адрес, реквизиты для перечисления средств, подтверждающие полномочия документы) с приложением подтверждающих обоснованность требования документов: договор банковского счета (вклада), договор на расчетно-кассовое обслуживание, ценные бумаги (векселя, облигации…), исполнительный лист, платежное поручение о перечислении средств, выписка по счету с остатком денежных средств или иные документы о подтверждении поступления денежных средств на счет.