Здравствуйте Лилия.
После получения ВНЖ Вы уже не относитесь к категории иностранных граждан, для которых миграционный учёт в Москве и Московской области ведётся через приложение «Амина». При наличии ВНЖ применяется обычный порядок регистрации иностранного гражданина по месту жительства.
Вы поступили правильно: ВНЖ получили 18 сентября и сразу подали документы на постоянную регистрацию.
Но я бы не удаляла «Амину» прямо сейчас, пока постоянная регистрация ещё только оформляется. Дождитесь подтверждения, что регистрация по месту жительства произведена. После этого необходимость пользоваться приложением отпадает, и его можно удалить с телефона.
Специально пытаться самостоятельно «снять себя с учёта» в приложении или удалять учётную запись я бы не советовала. Удаление приложения с телефона и снятие с миграционного учёта — это разные вещи. После оформления регистрации по ВНЖ сведения о Вас должны учитываться уже в обычном порядке.
Если в приложении после получения постоянной регистрации ещё некоторое время будет отображаться старая постановка на учёт, это само по себе не означает, что постоянная регистрация недействительна. Главное — чтобы регистрация по месту жительства была фактически оформлена.
Поэтому сейчас оптимально: оставьте «Амину» до момента получения подтверждения постоянной регистрации, а после этого приложение можно удалить.
Если хотите, после получения результата регистрации можете прислать, что именно Вам выдали или какую отметку поставили, и я проверю, завершено ли оформление полностью.
Удалить безопасно, лучше после получения документов.