И вдруг прошло 2 недели мне звонит начальник УИН и говорит, что нужно явится к УИН, так как бывший сотрудник уволился и что с бумагами не всё в порядке и путаница

Добрый вечер, Лев.

Ситуация действительно выглядит запутанной из-за внутренней бюрократии ФСИН (УИИ), но ключевой момент здесь — вы ничего не нарушили и действовали добросовестно, поэтому паниковать не нужно.
Главное, что вам нужно знать прямо сейчас: вас не пытаются целенаправленно «посадить» за уклонение, руководство инспекции просто пытается разобраться в бардаке, который оставил после себя уволившийся инспектор.
Ниже подробно разобрано, почему возникла путаница и чего ждать дальше.

1. Почему возникла путаница в УИИ?
Тип договора: Ваш прошлый инспектор совершил ошибку, когда сказал, что договор «возмездного оказания услуг» (это гражданско-правовой договор, или ГПХ) подойдёт. По закону (ст. 39 Уголовно-исполнительного кодекса РФ), исправительные работы отбываются строго по трудовому договору (официальное трудоустройство в штат). С договора ГПХ невозможно правильно удерживать 15% в доход государства так, как этого требует закон для исправительных работ.
Кадровые перестановки: Старый инспектор уволился, пришёл новый начальник, открыл ваше дело, увидел договор ГПХ и понял, что прошлый сотрудник допустил нарушение инструкций. «Путаница с бумагами» — это исправление внутренних ошибок самой инспекции.
Вы защищены: Поскольку сейчас вы уже работаете официально (по полноценному трудовому договору), эта проблема фактически решена. Ваша задача — принести начальнику УИИ новый трудовой договор и приказ о приёме на работу.

2. Что значит «поговорю с судьёй»?
Начальник УИИ успокоил вас не просто так. Инспекция обращается в суд, когда осуждённый злостно уклоняется от исправительных работ (например, пьёт, скрывается или отказывается работать). Это не ваш случай.
Консультация с судьёй начальнику нужна, скорее всего, чтобы решить чисто технический вопрос: как правильно засчитать или пересчитать те 2 недели, пока вы были на договоре услуг, и как правильно оформить документы задним числом из-за ошибки их бывшего сотрудника. Никакого «заключения под стражу» за этим со стороны инспекции не последует.

3. Суд в кассации 22 сентября — что это?
Это самый важный юридический момент, который, скорее всего, вообще не связан с вашей текущей работой и путаницей в УИИ.
Что такое кассация: Это пересмотр вашего первоначального приговора (тех самых 1,5 лет исправительных работ) в вышестоящем суде.
Кто её подал: Кассацию могли подать либо вы (ваш адвокат), если вы были не согласны с суровостью наказания, либо прокуратура (если они посчитали приговор слишком мягким или нашли процессуальную ошибку).
Чего ждать: На этом суде будет решаться вопрос, оставить ли приговор в силе, смягчить его или (в редких случаях по представлению прокурора) пересмотреть. Начальник УИИ упомянул её, потому что инспекция обязана отслеживать все судебные движения по вашему делу, и любое решение кассации напрямую повлияет на то, как вы будете отбывать срок дальше.

Здравствуйте, Лев!

Вызов в УИИ (ранее — УИН, ныне Уголовно-исполнительная инспекция) в вашей ситуации связан с проведением ревизии личного дела после увольнения инспектора и изменением юридического статуса вашего трудоустройства.

Главная причина путаницы

Договор возмездного оказания услуг (гражданско-правовой договор, ГПД) не является трудовым договором. По закону (ст. 39 УИК РФ) исправительные работы отбываются исключительно по основному месту работы на основании трудового договора.

Первоначальный инспектор совершил ошибку, указав, что ГПД «подойдёт». При ГПД с дохода уплачивается НДФЛ, но не производятся удержания в доход государства по предписанию инспекции, а период работы по ГПД не засчитывается в срок отбывания наказания. Новый инспектор или начальник УИИ при проверке дел обнаружили эту ошибку.

Почему начальник УИИ говорит про судью и что происходит сейчас

Дни работы по ГПД не пойдут в зачёт: Период, пока вы работали по договору услуг, инспекция не сможет засчитать в 1,5 года исправительных работ, так как удержания 15% в бюджет не производились.
Совещание с судьёй: Начальник УИИ консультируется с судом, как правильно оформить расчет срока отбывания наказания с момента вашего официального трудоустройства и как квалифицировать период работы по ГПД (чтобы не засчитать его как злостное уклонение, так как ошибка произошла по вине сотрудника УИИ).
Кассация 22 сентября: Вызов в суд кассационной инстанции связан с обжалованием вашего основного приговора (или апелляционного определения). Кассация проверяет законность самого приговора и назначенной меры наказания.
Пошаговые действия при визите в УИИ

Возьмите подтверждение официального трудоустройства: Действующий трудовой договор (не ГПД).
Приказ о приёме на работу.
Справку с места работы с указанием реквизитов организации и бухгалтерии.
Передайте документы новому инспектору: УИИ обязана направить вашему текущему работодателю предписание и форму уведомления для произведения удержаний (15%) из вашей заработной платы.
Дайте письменные объяснения (при необходимости): Если вам предложат дать объяснения по поводу периода работы по ГПД, спокойно укажите, что договор предоставлялся предыдущему инспектору, который подтвердил его правомерность, и вы действовали добросовестно.
Готовьтесь к кассационному заседанию: Если вы или ваш адвокат подавали кассационную жалобу, 22 сентября суд будет рассматривать вопрос об отмене или изменении приговора (например, о смягчении наказания или снижении процента удержаний).
Поскольку в настоящее время вы трудоустроены официально по трудовому договору, прямых оснований для замены исправительных работ на лишение свободы нет. УИИ приводит документы в соответствие с требованиями законодательства.

Надеюсь, моя консультация была вам пооезна.