Пять лет отсчитываются не от даты увольнения, а от дня последнего фактического ознакомления с секретными сведениями - это прямо закреплено в ФЗ № 114-ФЗ "О порядке выезда из РФ и въезда в РФ". Если такого ознакомления реально не было - формальных оснований для ограничения на 5 лет нет, независимо от того, что вы расписывались за получение самой формы допуска.
Но здесь есть серьёзный практический нюанс. На практике режимно-секретные подразделения и Межведомственная комиссия часто исходят не из факта реального ознакомления с конкретными документами, а из факта оформления допуска и занятия должности, по которой такой допуск полагался. То есть подписка о неразглашении сама по себе может рассматриваться как основание для ограничения, даже если вы утверждаете, что документы не читали. Доказать обратное - что реального доступа не было - придётся вам, и делать это нужно через запрос справки в РСП и, при необходимости, обжалование в МВК, а не через простое "аннулирование через полгода" - такого автоматического механизма в законе нет.
Дальше вопрос упирается в то, зафиксирован ли где-то документально факт вашего неознакомления, и как правильно действовать при увольнении, чтобы не оказаться с ограничением на выезд на 5 лет без реальных на то оснований.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.