Здравствуйте.
Отказ по формальному признаку "ранее судимый" в Вашем случае незаконен - согласно ч. 2 ст. 85 УК РФ, актом помилования судимость может быть снята полностью, и с этого момента лицо считается несудимым во всех правоотношениях, включая военную службу. Проблема почти всегда не в законе, а в том, что данные о снятии судимости не дошли или неверно отражены в базах ИЦ МВД и справке о наличии/отсутствии судимости, которую военкомат/пункт отбора проверяет через МВД.
Военкомат смотрит не на Ваши слова и не на копию указа на руках, а на официальный ответ по учётам. Если там судимость "висит" без пометки о снятии - Вас будут отбраковывать автоматически, независимо от того, что реально произошло помилование. Плюс есть нюанс: формулировка указа о помиловании (снятие судимости полностью или частичное освобождение от наказания) напрямую влияет на то, что должно быть внесено в базу - это разные правовые последствия по ст. 85 УК РФ, и от этого зависит, что именно нужно требовать исправить.
Дальше это будет разбираться не с самим пунктом отбора на контракт, а через МВД и, при необходимости, суд - именно так восстанавливаются такие сведения по факту помилования.