Здравствуйте. Да, действия суда абсолютно правильны и законны. Запрос ходатайства от командования вашей воинской части является обязательным элементом процедуры освобождения от уголовной ответственности в связи с награждением государственной наградой.
Основание прекращения уголовного дела по этому мотиву предусмотрено статьей 28.1 УПК РФ. Согласно закону, суд вправе прекратить уголовное дело в отношении подсудимого, награжденного государственной наградой, в частности медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, при наличии ходатайства от командования воинской части. Предоставление сведений о награждении — это лишь половина процедуры, одного этого факта недостаточно, требуется позиция командования.
Ваш алгоритм действий: свяжитесь с командованием части, проинформируйте о запросе суда и попросите направить ходатайство. Требования к его оформлению минимальны, но для его принятия достаточно документа, подтверждающего, что командование ходатайствует о прекращении дела. Если запрос суда связан с отсутствием этого ходатайства, его нужно предоставить, чтобы суд мог рассмотреть вопрос о вашем освобождении от уголовной ответственности.