Какие налоги, нюансы, подводные камни?

Здравствуйте!

В договоре 2 млн.р или 1 млн.р будет?

Если вы решите продать это помещение, его «официальной» ценой покупки для расчета налога будет считаться сумма указанная в договоре. При продаже дороже, налог придется платить с большей разницы.
Если продавец заявит, что не получал наличные, доказать факт оплаты будет крайне сложно, без расписки.

В договоре обязательно нужно указать, что расчет производится двумя способами: 1 000 000 руб. — безналичным перечислением, и 1 000 000 руб. — наличными средствами с учетом требований ГК РФ Статья 549. «Договор продажи недвижимости».

Подробнее тут: www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_9027/00f9a6ca17ad5ed75fe63abc14c2bbf766520eff
При передаче наличных обязательно берите с продавца расписку, где будет указано: ФИО, паспортные данные, сумма прописью, дата, фраза «Наличные денежные средства в размере… руб. получены в полном объеме по договору купли-продажи от дата № ». Без этого — крайне рискованно.
Самый безопасный и правильный путь — провести всю сумму (2 000 000 руб.) через безналичный расчет с актом приема-передачи. 

Здравствуйте!

• При  покупке нежилого помещения Вы не должны  платить налог, НДФЛ платит Продавец  помещения , если срок владения недвижимостью меньше установленного минимума (трех или пяти лет)

 В Вашем случае, Продавец тоже не будет платить НДФЛ, т.к. он владеет помещением с 2006 года.

•  Перед покупкой  Вам нужно проверить объект, поэтому запросите выписку из реестра-- ЕГРН.

 Лучше запросить ЕГРН-1, в ней Вы  помимо другой информации можете узнать   о наличие  обременений или ограничений.

•  Для заказа выписки нужно  знать кадастровый номер объекта и его точный адрес. Сделать это можно на сайте Росреестра

Обратите внимание  на  то, чтобы  у  помещения не было незаконной перепланировки и реконструкции.

Только убедившись в том, помещение не является предметом спора, не имеет обременений, все предыдущие сделки по нему были абсолютно законными, а продавец /представитель имеет все необходимые полномочия, можно переходить к подписанию основного договора купли-продажи.

Вопросам договорных отношений по приобретению недвижимых вещей посвящен самостоятельный § 7 главы 20 Гражданского кодекса (далее также ГК РФ), кроме того, к данным договорам применяются общие нормы о купле-продаже § 1 указанной главы в части, не противоречащей специальным нормам (в силу п. 5 ст. 454 ГК РФ).

Договор купли-продажи недвижимости должен иметь форму, указанную в ст. 550 ГК РФ, то есть такой договор заключается в простой письменной форме

Нотариальная форма договора продажи недвижимости является одной из форм сделки, указанной в п. 1 ст. 158 ГК РФ. 

Да, Вы можете  оплатить часть суммы перечислением на расчётный счёт, а часть — наличными. и укажите  это в договоре в разделе «Порядок оплаты»

Здравствуйте!

1 000 000 рублей планируем оплатить перечислением на расчетный счет, и 1 000 000 рублей- наличкой. Так можно сделать?

можно. 

по этому вопросу 

А сейчас продавец не будет подоходный налог платить?

не соглашусь с коллегами, т.к. многое зависит от того какого назначения нежилое помещение, а из вопроса и дополнений можно сделать вывод, что речь в вопросе о нежилом помещении предназначенным для коммерческого использования.

если такое помещение использовалось продавцом когда-либо в предпринимательской деятельности, то никакого освобождения дохода от НДФЛ по сроку владения нет (п.17.1 ст.217 НК)

Положения настоящего пункта не распространяются… на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества (за исключением жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, садовых домов или доли (долей) в них, а также транспортных средств), непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;

единственный вариант, когда он может рассчитывать на освобождение дохода от налога это когда помещение получено им в наследство и не использовалось в предпринимательской деятельности.