Банк законно подал иск в суд о возврате полной суммы кредита

1) Считается ли основной долг по ипотеке исполненным, если вы оплатили его до суда?
Да, если вы перечислили деньги с правильным назначением платежа именно по этому кредиту и сумма покрывала всё, что подлежало уплате.
По общему правилу, назначение платежа задаёт должник, а кредитор не вправе единолично его менять. Судебная практика прямо исходит из того, что назначение в платёжном поручении обязательно для получателя; «перекинуть» платёж на другое обязательство без вашего согласия — нельзя. Это регулярно подтверждают подборки практики и разъяснения (см. КонсультантПлюс: «Назначение платежа в платёжном документе»). 

Внутри одного обязательства банк вправе в первую очередь закрывать издержки, затем проценты, потом тело долга — такова очередность ст. 319 ГК РФ (если договором не согласовано иное). Но между разными обязательствами (ипотека и кредитная карта) «перераспределять» платёж без вашей воли нельзя: для этого применяется зачет по ст. 410 ГК РФ, а он требует заявления о зачёте и наступивших встречных однородных требований. 

Практическое следствие: если в платёжке вы указали «погашение кредита №… по договору от …» — банк обязан зачесть именно туда. Если зачислил иначе — это предмет возражений в суде и самостоятельного требования о надлежащем зачёте. Дополнительно Верховный Суд в свежей практике напоминает: при нескольких долгах сначала определяется какое обязательство вы гасите (по 319.1 ГК РФ), а уже потом — внутри него очередность по 319 ГК РФ. 

 
2) Мог ли банк законно «заморозить» часть суммы?
Иногда — да, но нужно основание и срок. Банки могут приостанавливать операции по 115-ФЗ (ПОД/ФТ), но это требует соблюдения процедур, уведомления клиента и обычно ограничено по срокам (как правило, дни/недели, а не «зависание» навсегда). Если вам сказали только «заморожено» без правового основания и документов — это слабая позиция банка. Попросите у банка письменное объяснение правового основания блокировки (ссылка на конкретный пункт ст. 7 115-ФЗ, внутренний акт, срок, номер решения). Если такого нет, «заморозка» легко оспаривается. 

 
3) Имел ли банк право досрочно закрыть «рассрочку» по кредитной карте за ваш счёт?
Только если:

у банка было ваше заранее данное согласие/поручение на безакцептное списание с вашего счёта в счёт карточной задолженности (это обычно в ДКБО/общих условиях), и
списание шло со счёта клиента, а не с поступившего платежа, предназначенного на ипотеку, и
требования по карте были уже наступившими (по ст. 410 ГК РФ зачет возможен только по наступившим однородным требованиям).
ФЗ-353 допускает периодическое списание с вашего счёта при наличии вашего распоряжения/акцепта; отдельные виды доходов без вашего разового согласия списывать нельзя. Но это не даёт банку права менять назначение специально внесённого вами платежа на ипотеку. 

 
4) Что делать прямо сейчас в суде (следующее заседание через месяц)?
Цель: зафиксировать, что требование банка утратило предмет — долг оплачен надлежащим образом, а остальное — следствие незаконного перераспределения средств.

Подайте письменные возражения на иск (в канцелярию и в «ГАС Правосудие»/e-mail суда) и банк. Приложите:

платёжные поручения/чеки с назначением платежа,
выписку по ипотечному счёту (движение, начисления, остаток),
переписку/ответ банка о «заморозке» и о досрочном погашении по карте,
расчёт, показывающий, что при надлежащем зачёте ипотека закрыта.
Сошлитесь на ст. 56, 57, 35 ГПК РФ (бремя доказывания; ходатайство об истребовании доказательств у истца; ваши процессуальные права) — попросите истребовать у банка: внутренний документ о заморозке, заявление о зачёте, расчёт распределения платежей, детализацию карточной «рассрочки». 
Ходатайствуйте об отказе в иске (или о частичном отказе), поскольку на дату рассмотрения спора задолженность по ипотеке отсутствует; спор банка — лишь про перераспределение платежа. Если банк отзовёт иск из-за оплаты — просите распределить судебные расходы с учётом ст. 101 ГПК РФ (при добровольном исполнении после подачи иска расходы истца могут быть взысканы с ответчика, но аргументируйте злоупотребление правом со стороны банка — он сам создал «недостаток» перераспределением). 
Встречный иск (опция, но в вашей ситуации — сильный ход).
До вынесения решения подайте встречный иск к банку о:

признании исполненным обязательства по ипотечному кредиту в полном объёме (с учётом надлежащего назначения платежа),
обязанности банка зачесть платежи по назначению и подать заявление в Росреестр о погашении записи об ипотеке (или обязать погасить запись судом).
Условие принятия встречного иска — взаимная связь и то, что его удовлетворение исключит иск банка (ст. 137–138 ГПК РФ). Это как раз ваш случай. 

Если банк просил обращение взыскания на квартиру: настаивайте, что при надлежащем зачёте оснований для обращения взыскания нет, ипотека прекращается с исполнением основного обязательства; регистрационная запись об ипотеке подлежит погашению по 102-ФЗ (ст. 25, 25.2). Суд может прямо обязать банк направить заявление в Росреестр или прекратить ипотеку решением суда. 
 
5) Что делать «вне суда» параллельно?
Претензия в банк (письменно, с входящим номером):

потребуйте перезачёта перечисленных средств в счёт ипотечного кредита по назначению платежа;
копии документов, на основании которых «заморожена» часть суммы (ссылка на норму и срок);
копии заявления о зачёте/внутреннего распоряжения о досрочном закрытии «рассрочки»;
выписку по ипотечному счёту и по карте на спорный период.
Сошлитесь на ст. 319 ГК РФ, ст. 410 ГК РФ, разъяснения ВС о назначении платежа, а также на ст. 5 ФЗ-353 (про условия списания со счёта). Попросите ответ в 10 рабочих дней.
Росреестр: как только вопрос с «хвостом» закрыт (или суд зафиксировал исполнение), подавайте с банком совместное заявление о погашении записи об ипотеке (или отдельное заявление при наличии закладной с отметкой; либо на основании решения суда). Срок погашения записи — 3 рабочих дня со дня поступления заявления/оснований; госпошлины — нет. 
Финансовый уполномоченный (если спор именно о перераспределении платежа/карточной «рассрочке» и сумма требования ≤ 500 000 ₽, и по этому же предмету нет дела в суде): это бесплатный и зачастую быстрый канал. Сначала — претензия в банк, затем обращение в Службу финуполномоченного. Если дело по тому же предмету уже принято судом, финомбудсмен откажет. 
 
6) Как аргументировать в суде распределение платежей?
Короткая логика для возражений/встречного иска:

Вы определили обязательство, которое исполняете (ипотека №…, дата договора) — это ключ к тому, какой долг гасится (подход ст. 319.1 ГК РФ и позиции ВС). Дальше внутри него действует очередность ст. 319 ГК РФ. Банк не вправе переложить платёж на иное обязательство (кредитную карту) без вашей воли. 
Для «переброски» нужен зачёт: встречные однородные и наступившие требования и заявление о зачёте (должно быть доведено до вас). Этого нет — значит, зачисление в счёт карты неправомерно. 
«Заморозка» части суммы без надлежащего правового основания — неуважительная причина для неучёта вашей оплаты. Требуйте документ, подтверждающий правовое основание и срок приостановления по 115-ФЗ. 
 
7) Что с «квартирой в руках банка»?
Пока запись об ипотеке не погашена, квартира в залоге — это нормально. Но забрать её банк может лишь по судебному решению об обращении взыскания (или во внесудебном порядке — только если в закладной/договоре прямо есть такое условие и соблюдены все строгие требования). Если суд откажет банку в иске из-за фактического исполнения, оснований для обращения взыскания нет, ипотека подлежит прекращению, запись — погашению по ст. 25, 25.2 Закона об ипотеке.