Добрый день!
Печать, конечно, сделана некорректно и Вам стоит обратить внимание компании на это, т.к. города «Новгород» не существует. Согласно ст.2 Федерального закона от 26.12.1995 N 208-ФЗ «Об акционерных обществах»:
7. Общество должно иметь круглую печать, содержащую его полное фирменное наименование на русском языке иуказание на место его нахождения. В печати может быть также указано фирменное наименование общества на любом иностранном языке или языке народов Российской Федерации.
Но, сам по себе, недействительным от этого документ не становится, если документ выражает собой сделку (см. ст. 160 ГК РФ):
Статья 160. Письменная форма сделки
Законом, иными правовыми актами и соглашением сторон могут устанавливаться дополнительные требования, которым должна соответствовать форма сделки (совершение на бланке определенной формы, скрепление печатью и т.п.), и предусматриваться последствия несоблюдения этих требований.
Возможно, компания поставила такую печать специально, чтобы в дальнейшем заявить о подложности документа. Поэтому советую добиться от них проставления нормальной печати, особенно если Ваши отношения с ними еще не закрыты.