Насколько знаю, в течении 20 дней, после получения документов, заказчик обязан принять работы либо сделать мотивированный отказ от приемки работ

Здравствуйте! 

Да, действительно, суды практикуют  подобные споры  при  отсутствии  оплаты  и отказа от приемки работ. Главное, чтобы было доказательства направления  актов  на подписание заказчику ( поэтому следует  направлять  такие документы  с описью вложения  или вручать ответственному лицу под расписку. ) . 

Заказчик обязан в сроки и в порядке, которые предусмотрены договором подряда, с участием подрядчика осмотреть и принять выполненную работу (ее результат), а при обнаружении отступлений от договора, ухудшающих результат работы, или иных недостатков в работе немедленно заявить об этом подрядчику. ( п. 1 ст. 720 ГК рФ ) : 

 См. статью по ссылке: https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_9027/48e02faf6357243a0fa7806dd7ca2dc2493301a8/

Основанием для возникновения обязательства заказчика по оплате выполненных работ является сдача результата работ заказчику (пункт 8 информационного письма Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 24.01.2000 N 51 «Обзор практики разрешения споров по договору строительного подряда»; далее — информационное письмо N 51). 

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_25976/fc7026fc405b0385b8ac7569fe4001ec09043ec5/

В ст.753 ГК РФ установлено, что сдача результата работ подрядчиком и приемка его заказчиком оформляются актом, подписанным обеими сторонами. При отказе одной из сторон от подписания акта в нем делается отметка об этом и акт подписывается другой стороной. Односторонний акт сдачи или приемки результата работ может быть признан судом недействительным лишь в случае, если мотивы отказа от подписания акта признаны им обоснованными.

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_9027/6b2d751a0d605616a9a1012cb7c7fbac1b6d84b3/

Президиум Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации в информационном письме N 51 разъяснил, что оформленный в таком порядке акт является доказательством исполнения подрядчиком обязательства по договору, при отказе заказчика от оплаты на суд возлагается обязанность рассмотреть доводы заказчика, обосновывающие его отказ от подписания акта приемки результата работ.

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_9027/6b2d751a0d605616a9a1012cb7c7fbac1b6d84b3/

Здравствуйте, Игорь!

В  срок, установленный контрактом, но не позднее 20 рабочих дней, следующих за днем поступления документа о приемке, заказчик осуществляет одно из следующих действий, указанных в ст.94 Закона №44-ФЗ

— подписывает усиленной электронной подписью лица, имеющего право действовать от имени заказчика, и размещает в ЕИС документ о приемке

— формирует с использованием ЕИС, подписывает усиленной электронной подписью лица, имеющего право действовать от имени заказчика, и размещает в ЕИС мотивированный отказ от подписания документа о приемке  с указанием причин такого отказа.

Отсутствие мотивированного отказа от подписания документа о приемке не является безусловным основанием для оплаты объема выполненных работ, но свидетельствует о ненадлежащем исполнении заказчиком требований законодательства, в части  порядка  принятия  выполненных работ.

После 20 дней, при отсутствии отказа от приемки работ, считается ли что работы приняты.

Срок для подписания может быть и меньше, нужно смотреть условия  контракта. 

Нет, не считается. 

Доказывать   факт ненадлежащего исполнения обязательств  заказчиком по контракту  и  факт выполненных работ  при возникновении спора  необходимо будет    в судебном порядке.

При возникновении спора  итоговое  решение может принять только суд с учетом всех обстоятельств дела