Как проверить договор поставки авто и внести изменения с учетом защиты своих интересов?

Добрый день.

3.1.4. провести дополнительную инспекцию Товара по согласованию

Должен быть составлен акт с перечнем имеющихся недостатков с подписью и печатью агента.  Не давайте одобрение на покупку без его получения.

3.3.2. В целях исполнения Договора заключить субагентский договор с третьим лицом, а также воспользоваться 
услугами третьих лиц, таких как аукционные дилеры, транспортные компании, японская/российская таможня, 
таможенный брокер, страховые компании, банки, для исполнения данного Договора. 

Считаю необходимых поинтересоваться о стоимости услуг данных лиц перед обращением к ним за помощью, так как выйти имеющегося к вас бюджета.

Здравствуйте.

2.7. Принципалу известно, что Товар, предлагаемый к поиску и приобретению в интересах последнего является
бывшим в употреблении и не является новым, может иметь следы, признаки и последствия эксплуатации. Принципалу
достоверно известно, что цена подбираемого в его интересах Товара является более низкой по сравнению с ценой нового
изделия, отпускаемого с завода (предприятия) изготовителя в связи чем, требования, обычно предъявляемые к предметам
«новым» или находящимся в «идеальном состоянии» не могут быть предъявлены к заявленному Товару.

Неизвестно в каком состоянии будет автомобиль. Стоит более подробно об этом указать. Хотя бы то, чтобы он не имел существенных недостатков.

Закон РФ от 07.02.1992 N 2300-1
«О защите прав потребителей»

существенный недостаток товара (работы, услуги) — неустранимый недостаток или недостаток, который не может быть устранен без несоразмерных расходов или затрат времени, или выявляется неоднократно, или проявляется вновь после его устранения, или другие подобные недостатки;

4.6. В случае отказа Принципала от приобретения Агентом согласованного Товара на торговой площадке, сумма первоначального взноса удерживается Агентом и возврату не подлежит

При отказе первоначальный взнос не возвращается.

4.5. Третья часть оплаты – окончательный расчет за Товар Принципал производит в течение трех банковских дней с момента уведомления Принципала Агентом об окончании таможенного оформления Товара. Оплата производится на реквизиты, указанные Агентом.

Желательно связать расчёт с передачей автомобиля, а не с окончанием таможенного оформления.

И что касается оплаты — непонятно почему реквизиты просто физлица, а не расчетный счет компании.

проверка подлинности печати

Печать так, к сожалению, не проверить. Это нужно видеть оригинал договора + это делает соответствующий эксперт.