Здравствуйте, Евгений.
Не все так просто и очевидно в Вашей ситуации.
Если жена военнослужащего проживает и зарегистрирована в указанной квартире как член семьи собственника, то ее обеспеченность жильем будет учитываться при определении обеспеченности жильем мужа военнослужащего согласно статьи 51 Жилищного кодекса РФ.
Если муж (военнослужащий) вселен в эту квартиру как член семьи собственника (в заявлении о его регистрации указано именно это основание), то и он также имеет право постоянного пользования этой квартирой как член семьи собственника в силу статьи 31 ЖК РФ.
Соответственно с учетом указанных обстоятельств военнослужащему могут отказать в выплате компенсации за найм (поднайм) в соответствии с Порядком выплаты в Вооруженных Силах Российской Федерации денежной компенсации за наем (поднаем) жилых помещений, утв. Приказом МО РФ (если речь о ВС РФ) от 16 ноября 2022 г. № 686.
Если же есть только договор коммерческого найма по которому в квартиру тещи вселяются он, его жена и дети (при их наличии) и регистрация в этой квартире прошла в соответствии с договором коммерческого найма а не как членов семьи собственника, то в выплате компенсации за найм (поднайм) не может быть отказано.
С уважением! эксперт сайта Г.А. Кураев
Если он вселен на основании договора коммерческого найма, который заключен до вселения и договор носит (желательно) краткосрочный характер (в нем желательно указать срок), то оснований для отказа нет.
Жена там проживает?