Как мне уменьшить риск и не засветиться в контролирующих органах?

Здравствуйте, Дмитрий!

Насколько я понимаю речь идет об исполнении договора, заключенного в рамках Закона №44-ФЗ, если ошибся уточните вопрос.

Цена контракта является твердой и определяется на весь срок исполнения контракта и может быть изменена только в случаях, предусмотренных законом  (ч. 2 ст. 34 Закона N 44-ФЗ).

Если    Законом  N 44-ФЗ не предусмотрено иное,  к  контрактам   применяются нормы ГК РФ.

3. Цена работы может быть определена путем составления сметы.

4.При отсутствии других указаний в договоре подряда цена работы считается твердой.

ст.709 ГК РФ

Оплата выполненных  работ производится в размере, предусмотренном сметой (ст.746 ГК РФ).

Акт выполненных работ это документ,  в котором указывается выполненная работа.

В идеальном варианте работы,  указанные в акте и смете должны совпадать по виду,  объему.

По соглашению сторон   допускается   изменении объема и (или) видов выполняемых работ по  контракту  не более чем на десять процентов,    при  выполнение работ по строительству, реконструкции, капитальному ремонту, сносу объекта капитального строительства  (п.1.3 ст. 95 Закона №44-ФЗ).

Насколько критичны расхождения в смете и в акте выполненных работ КС-2/КС-3 при проведении демонтажных работ?

Если они более 10%  от цены контракта   это  может быть критичным, поскольку это уже изменение существенных условий контракта.

При существенном  сокращении ряда   работ более, чем на 10%,  появляется      возможность  расторгнуть контракт по соглашению сторон.    При этом в случае фактического исполнения контракта в полном объеме заказчику необходимо оплатить контрагенту фактически выполненный объем работ. ( Письмо Минфина России от 11 февраля 2020 г. N 24-03-08/9180  «О рассмотрении обращения»).