Добрый день.
Для того что бы ответить на вопрос необходимо рассматривать сам акт проверки и те основания что ФНС в нем указывает, а так же ту первичку, что у Вас есть. При этом по акту проверки, если Вы с ним не согласны полностью или частично необходимо составить и подать возражения — ст.100 НК
6… в течение одного месяца со дня получения акта налоговой проверки вправе представить в соответствующий налоговый орган письменные возражения по указанному акту в целом или по его отдельным положениям. При этом… вправе приложить к письменным возражениям или в согласованный срок передать в налоговый орган документы (их заверенные копии), подтверждающие обоснованность своих возражений.
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_19671/27bc3d70f48f9fc1942ef1a177538d50aee316b7/
При этом, насколько я понимаю, ФНС выдвигает претензии по НДС в рамках наличия в цепочке отношений компаний, которые незаконно не оплатили НДС( предположительно ФНС посчитала что это недобросовестный контрагент из числа фирм однодневок) .
Здесь важно понимание того, что отказ в вычете входящего НДС если контрагент НДС не уплатил возможен лишь при доказанности ФНС того, что контрагент имел умысел на уклонение от налогообложения и незаконное возмещение налога - СКЭС Верховного Суда РФ от 14 мая 2020г. № 307-ЭС19-27597 по делу № А42-7695/2017
https://www.v2b.ru/documents/opredelenie-sudebnoy-kollegii-po-ekonomicheskim-sporam-verhovnogo-33/
В этом направлении и необходимо строить стратегию действий с ФНС в рамках эпизода -
Но клиент не подал декларации и не заплатил налоги. Как позже выяснилось учредитель-директор умер. Наша организация НДС показала.
По первому эпизоду — доказывать отсутствие отношений с контрагентом, представившим счет-фактуру, если их действительно не было.
Все остальные моменты могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате( кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер)
С уважением Евгений Беляев