Что вы посоветуете в нашем случае?

По общему правилу, согласно ст. 107 ВК РФ содержит исчерпывающий перечень, на основании которых Перевозчик может в одностороннем порядке расторгнуть договор воздушной перевозки пассажира.

Так, согласно пп. 2 п. 1 ст. 107 ВК РФ,

Перевозчик может в одностороннем порядке расторгнуть договор воздушной перевозки пассажира при отказе пассажира,… выполнять требования, предъявляемые к ним федеральными авиационными правилами

Согласно п. 27 Федеральных авиационных правил, утвержденных Приказом Минтранса России от 28.06.2007 N 82,

Если пассажир не воспользовался забронированным пассажирским местом на каком-либо участке маршрута перевозки, то пассажир должен сообщить перевозчику о намерении продолжить перевозку на последующих участках маршрута перевозки. Если пассажир не сообщил перевозчику о намерении продолжить перевозку, перевозчик имеет право аннулировать бронирование на каждом последующем участке маршрута перевозки без уведомления пассажира....

При этом, согласно п. 1.1 ст. 107 ВК РФ,

Бремя доказывания наличия оснований расторжения договора воздушной перевозки пассажира лежит на перевозчике.

Таким образом, вариантов действия у Вас два:

1. Связаться с One two trip/авиакомпанией, предоставить подтверждающие документы того, что Вы следовали строго назначенному маршруту, о чем Вы пишете:

 посадочные талоны, багажная квитанция и отметка в паспорте о пересечении границы Евросоюза (Лиссабон)

 попросить передать указанную информацию перевозчику, то есть обосновать то, что Вы воспользовались всеми забронированными пассажирскими местами на всех участках маршрута перевозки, потребовать обеспечения обратного перелета, согласно купленным билетам.

2. Самостоятельно приобрести обратные авиабилеты и требовать компенсации убытков в последствии с перевозчика, либо One two trip (Хоть и маловероятно, но, например, аннуляция обратных билетов произошла по причине тех. сбоя у них), в зависимости от того, на ком будет лежать вина в причиненных Вам убытках. (ст. 15 ГК РФ)

Если служба поддержки OneTwoTrip не реагирует — попробуйте связаться с авиакомпанией (т.е. перевозчиком) напрямую.

В сообщении на электронную почту об аннуляции OneTwoTrip Вам так об этом и написало.

Даже, если OneTwoTrip впоследствии ответит, хуже от этого точно не будет. 

Ваша задача сейчас, если не хотите потом взыскивать убытки с авиакомпании, доказать, что Вы не сходили с маршрута, то есть урегулировать вопрос в досудебном порядке.