Здравствуйте, Георгий!
1.Нужно ли платить налог с суммы выше уставного капитала? Возникает ли вообще какой-нибудь налог?
В соответствии с п. 17.2 НК РФ, Вы освобождаетесь от уплаты НДФЛ, поскольку владели долей более 5 лет. Но убедитесь, что прошло 5 полных лет, и не имеет место округление. Если не будет хватать даже 1 дня до 5 полных лет, НДФЛ придется заплатить.
2. Может ли продать физическое лицо свою долю за любую цену или нужно делать оценку? Не возникает ли вопросы у налоговой по цене?
Для Вашего вида доходов специфических особенностей определения налоговой базы нет. Это при продаже недвижимости могут доначислить НДФЛ, если продаете ниже кадастровой стоимости, но для доли в организации такого нет. Так что руководствуетесь свободой договора (ст. 421 ГК РФ). Главное, чтобы в уставе не было на сей счет каких-либо ограничений.
3. Нужно ли оплачивать процент от суммы сделки нотариусу?
В соответствии с ч. 11 ст. 21 Федерального закона от 08.02.1998 №14-ФЗ, нотариальное удостоверение такой сделки обязательно. Поэтому без расходов на нотариуса не обойтись. Размер госпошлины, согласно п. 4.1 ч. 1 ст. 333.24 НК РФ, зависит от суммы сделки:
до 1 000 000 рублей — 0,5 процента суммы договора, но не менее 1 500 рублей;
от 1 000 001 рубля до 10 000 000 рублей включительно — 5 000 рублей плюс 0,3 процента суммы договора, превышающей 1 000 000 рублей;
свыше 10 000 001 рубля — 32 000 рублей плюс 0,15 процента суммы договора, превышающей 10 000 000 рублей, но не более 150 000 рублей;
Плюс не забываем об услугах гражданско-правового характера. Размер платы за них уточняйте у конкретного нотариуса (лучше заранее соберите информацию по разным нотариусам, узнайте, у кого выгоднее).
4. Нужно ли оформлять сделку по месту регистрации ООО или же можно в другом регионе?
Закон не предъявляет специфических требований.