Как не потерять выплату за один или два рабочих дня

Здравствуйте, Виктория.  Нам не известен образ мыспей и действий вашего работодателя. Поэтому не можем судить, что он предпримет. Заставить — как, угрозами, силой? Если человек не хочет писать, его не заставишь. Не пистолетом же он  будет вас вынуждать. 

Однако написание заявления на отпуск за свой счет, как представляется, не худший вариант. Дело в том, что ТК РФ считает прогулом отсутствие на работе свыше 4 часов подряд. А вы отсутствовали  дольше. 

Разумеется, прогулом считается не всякое отсутствие, а отсутствие без уважительных причин. Насколько уважительной может работодатель признать приведенную вами причину, судить не берусь. Это зависит от субъективной оценки. 

Но вам следует запастись справкой Гидрометеоцентра о погоде в дни отсутствия на работе. Плюс медсправка о беременности. И ссылаться на эти обстоятельства, когда от вас потребуют писать объяснение.

Пока работодатель ничего не нарушил, обсуждать, как отстаивать неизвестно что, нет смысла.