В соответствии с п. 1 ч. 1 ст. 83 ТК РФ
Трудовой договор подлежит прекращению по следующим обстоятельствам, не зависящим от воли сторон:
призыв работника на военную службу (за исключением призыва работника на военную службу по мобилизации) или направление его на заменяющую ее альтернативную гражданскую службу.
Т.е., если работник призывается на военную службу по мобилизации, за ним должно быть сохранено рабочее место.
Таким образом, важное значение в этой ситуации будет иметь следующее обстоятельство:
на каком основании работник решил заключить контракт на военную службу — в связи с мобилизационными мероприятиями или нет.