Здравствуйте.
Назначение и выплата пособий производятся в общеустановленном порядке. На это указывает п. 2 ст. 13 Федерального закона N 255-ФЗ, согласно которому если застрахованное лицо (работник) на момент наступления страхового случая работал у нескольких страхователей и в двух предшествующих календарных годах был занят у них же, то пособие по временной нетрудоспособности, пособие по беременности и родам назначаются и выплачиваются по всем местам работы. Если же в течение указанных двух лет место работы менялось, то пособие по временной нетрудоспособности назначается только у одного из последних работодателей по выбору работника.
Полагаю, вам нужно обжаловать решение ФСС. Длительность вашей работы по совместительству не должен влиять на факт выплаты пособия, только на его размер.
Надеюсь, мой ответ был Вам полезен. В случае необходимости дополнительной консультации, помощи в составлении документов по вашему вопросу, вы можете обратиться ко мне в чат.