Хотят задержать в отпуске

Юрий, здравствуйте. 

Вы военнослужащий, а следовательно государство ограничило вас в некоторых правах. Так, в соответствии с Уставом, 

43. Приказ командира (начальника) должен быть выполнен беспрекословно, точно и в срок. Военнослужащий, получив приказ, отвечает: «Есть» — и затем выполняет его.

При необходимости убедиться в правильном понимании отданного им приказа командир (начальник) может потребовать его повторения, а военнослужащий, получивший приказ, — обратиться к командиру (начальнику) с просьбой повторить его.
Выполнив приказ, военнослужащий, несогласный с приказом, может его обжаловать.

То есть, вы обязаны выполнить приказ, а уж потом его обжаловать. 

Если вы самовольно покинете расположение базы, то это грозит вам дисциплинарным взысканием, а также плохим отзывом о стажировке, в котором будет указано про вашу недисциплинированность и неумение исполнить приказы. Возможно это отразиться на вашей дальнейшей офицерской карьере (например, при распределении).