Как правильно оформить работника на работу в закрытое на карантин учреждение?

Вряд ли это будет вахтовый метод. 
Вахтовый метод применяется при значительном удалении места работы от места постоянного проживания работников или места нахождения работодателя в целях сокращения сроков строительства, ремонта или реконструкции объектов производственного, социального и иного назначения в необжитых, отдаленных районах или районах с особыми природными условиями, а также в целях осуществления иной производственной деятельности.
К работам, выполняемым вахтовым методом, не могут привлекаться:
— работники в возрасте до 18 лет;
— беременные женщины;
— женщины, имеющие детей в возрасте до 3 лет;
— лица, имеющие медицинские противопоказания к выполнению работ вахтовым методом.

Юлия, здравствуйте!

ТК РФ Статья 72. Изменение определенных сторонами условий трудового договора

Изменение определенных сторонами условий трудового договора, в том числе перевод на другую работу, допускается только по соглашению сторон трудового договора, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом. Соглашение об изменении определенных сторонами условий трудового договора заключается в письменной форме.

ТК РФ Статья 72.1. Перевод на другую работу. Перемещение

Перевод на другую работу — постоянное или временное изменение трудовой функции работника и (или) структурного подразделения, в котором работает работник (если структурное подразделение было указано в трудовом договоре), при продолжении работы у того же работодателя, а также перевод на работу в другую местность вместе с работодателем. Перевод на другую работу допускается только с письменного согласия работника, за исключением случаев, предусмотренных частями второй и третьей статьи 72.2 настоящего Кодекса.

ТК РФ Статья 72.2. Временный перевод на другую работу

В случае катастрофы природного или техногенного характера, производственной аварии, несчастного случая на производстве, пожара, наводнения, голода, землетрясения, эпидемии или эпизоотии и в любых исключительных случаях, ставящих под угрозу жизнь или нормальные жизненные условия всего населения или его части, работник может быть переведен без его согласия на срок до одного месяца на не обусловленную трудовым договором работу у того же работодателя для предотвращения указанных случаев или устранения их последствий.

При переводах, осуществляемых в случаях, предусмотренных частями второй и третьей настоящей статьи, оплата труда работника производится по выполняемой работе, но не ниже среднего заработка по прежней работе.

Если работник согласен временно переводите (перемещайте) сотрудника путем подписания соответствующего соглашения в котором описывайте срок условия и прочее.

Надеюсь, моя консультация была Вам полезна.