Здравствуйте Денис.
Безусловно краевое начальство не может отменить указ Президента.
При этом исходя их содержания п. 6 Указа президента от 02.04.2020 федеральным государственным органам, органам управления государственными внебюджетными фондами определить численность соответственно федеральных государственных служащих, работников, обеспечивающих с 4 по 30 апреля 2020 г. включительно функционирование этих органов.
Соответственно, Ваша супруга может работать, как государственный служащий, на основании распоряжения руководителя исправительной колонии, отправить ее в отпуск за свой счет могут только в случае, если она отказалась от такой работы.
В противном случае действия работодателя незаконны.
Надеюсь консультация была полезной для Вас.